住民税特別徴収通知書｜2026年5月の実務7項目【税理士監修】

毎年5月中旬から下旬にかけて、各市区町村から事業所宛に「住民税特別徴収税額決定通知書（特別徴収義務者用・納税義務者用）」が届きます。2026年5月も同様で、堺市の中小企業や全国の事業所が、6月給与からの天引き準備に入る時期です。しかし、通知書を「届いたから給与ソフトに入れて終わり」にしていませんか。記載額の誤りや前職分の合算漏れ、eLTAX電子化対応の不備など、見過ごすと従業員からの問合せや市区町村への訂正手続きにつながる落とし穴が複数あります。本記事では、地方税ポータルシステム（eLTAX）や総務省の情報をもとに、中小企業の経理担当者が通知書到着時に必ず確認すべき7項目と、堺市の道濟会計事務所が顧問先で実際にお伝えしている実務ポイントをまとめます。

住民税特別徴収税額決定通知書とは──制度の概要

住民税の特別徴収は、給与所得者の住民税（道府県民税＋市町村民税）を事業所が給与から天引きし、各市区町村にまとめて納付する制度です。事業所は地方税法により「特別徴収義務者」として、給与所得者の住民税を毎月の給与から徴収・納付する義務を負います。

毎年1月31日までに事業所から各市区町村へ「給与支払報告書」を提出すると、市区町村側で前年（令和7年1月1日～12月31日）の所得をもとに住民税額が計算され、5月中に「特別徴収税額決定通知書」として通知が送付されます。通知書は次の2種類が同封されています。

通知書に基づき、2026年6月支給給与から2027年5月支給給与までの12回に分けて、毎月の住民税額を給与から天引きします。なお、6月分の税額だけがほかの月より100円程度多くなるのは、年間税額を12で割った際の100円未満の端数を6月分にまとめてカウントするためで、計算上の仕様です。

中小企業への実務影響と到着時に確認すべき7項目

通知書が届いたら、経理担当者は給与ソフトへの反映前に、次の7項目を必ず確認してください。確認漏れがあると、6月給与で誤った税額を天引きしてしまい、後日訂正や追徴の手間が発生します。

1. 対象従業員の人数・氏名──退職者が含まれていないか、入社者が漏れていないか。役員も含めて在籍状況と一致しているかを確認します。
2. 給与支払報告書との突合
   事業所が令和8年1月に提出した給与支払報告書の内容（給与収入額・各種控除）と、通知書記載の所得・控除内容が一致しているか。
3. 月割額の合計と年税額の一致
   6月～翌5月の12か月分の月割額を足した金額が、通知書記載の年税額と一致しているかを確認。
4. 市区町村ごとの内訳
   従業員が複数の自治体に住んでいる場合、それぞれの自治体から個別に通知書が届きます。全員分が揃っているかを確認します。
5. ふるさと納税・住宅ローン控除の反映
   従業員がふるさと納税（ワンストップ特例または確定申告）や住宅ローン控除を申請している場合、通知書の摘要欄に「寄附金税額控除額」「住宅借入金等特別税額控除」が記載されているかを確認。
6. 納入書の支払期限
   住民税は徴収月の翌月10日が納付期限（例：6月給与天引き分は7月10日）。納入書の金額と月割額合計が一致するか、支払フローと突合します。
7. 納税義務者用通知書の従業員への配付
   納税義務者用通知書は従業員本人の個人情報を多く含むため、紙の場合は密封封筒で、電子の場合はパスワード付きPDFや専用ポータルで配付。配付遅れは個人情報保護の観点でも問題になります。

eLTAX電子化2年目の実務とよくあるトラブル

令和6年度（2024年度）から、特別徴収税額通知書（特別徴収義務者用・納税義務者用ともに）がeLTAX（地方税ポータルシステム）経由で電子データとして受け取れるようになりました。2026年5月時点で電子化は2年目に入り、対応企業も増えていますが、移行期特有のトラブルが多発しています。

eLTAX電子化のメリット

• 紙の通知書の開封・仕分け・配付作業が不要
• 給与ソフトへのCSV取込が可能で転記ミスを削減
• 従業員への配付も電子データ（PDF）で完結
• 過年度分の検索・参照が容易

よくある電子化トラブル

当事務所の見解・創業期法人がよくつまずく3つの落とし穴

堺市で多数の中小企業をサポートする中で、創業期・少人数法人特有の住民税トラブルを毎年見かけます。これから紹介する3つの落とし穴は、社員が10名以下の事業所でも他人事ではありません。

落とし穴1：給与支払報告書の提出漏れ

住民税特別徴収の根拠は1月31日までに各市区町村へ提出する給与支払報告書です。前年中に在籍していた従業員の分を提出していなければ、市区町村から「未提出照会」が来るか、最悪の場合、当該従業員に普通徴収（本人が直接納付）の通知が行き、6月以降の給与天引きができなくなります。

特に、年の途中で退職した従業員も提出対象です。「もう辞めたから関係ない」と思っていると後日、市区町村から問合せが来ることがあります。

落とし穴2：役員報酬変更（定時改定）が反映されない

3月決算法人の場合、5月末の定時株主総会で役員報酬を改定するケースが多く、6月給与から新報酬で給与計算を始めます。一方、住民税特別徴収税額は前年所得に基づくため、5月中に届く通知書は旧報酬額が前提です。新報酬と旧住民税額の組合せで、社会保険料の改定（随時改定）まで絡むと、給与計算が複雑化します。役員報酬を変更する月の給与計算は、特に細心の注意を払ってください。

落とし穴3：前職分との合算による「想定より高い住民税」

令和7年中に入社した中途採用者の場合、前職給与と自社給与が合算されて住民税が計算されます。前職給与が高かった従業員は、6月以降の住民税が想定より高額になり、「給料は同じはずなのに手取りが減った」と問合せを受けることが少なくありません。事前に「前職分が合算される旨」を中途採用者に説明しておくとトラブル防止になります。

今すぐやるべき5つのステップ

1. ステップ1：通知書の受領状況を市区町村単位で確認
   従業員が住む市区町村のリストを作成し、5月末までに全員分の通知書が揃っているかを台帳でチェックします。
2. ステップ2：本記事の7項目を順にチェック
   対象者・月割額・控除反映・納入書の支払期限など、漏れなく確認します。
3. ステップ3：給与ソフトに月割額を反映
   6月給与の計算前に住民税額を更新。CSV取込を使う場合はテスト計算で1名分を必ず手計算で検証します。
4. ステップ4：納税義務者用通知書を従業員に配付
   紙は密封封筒、電子はパスワード付きPDFまたは社内ポータル経由で本人にのみ届くよう手配します。
5. ステップ5：毎月10日の納付スケジュールを再確認
   住民税の納付期限は徴収月の翌月10日（例：6月給与から天引きした6月分は7月10日納付）。給与支給人員が常時10人未満で「納期の特例」を市区町村に申請している事業所は、6月10日（前年12月～5月分）と12月10日（6月～11月分）の年2回納付に変更されます。

よくある質問（FAQ）

Q. 住民税特別徴収税額決定通知書はいつ届きますか？

A. 毎年5月中旬から下旬にかけて、従業員が住所を置く各市区町村から事業所宛に届きます。2026年5月も同様で、6月給与からの天引きに間に合うよう、各市区町村が順次送付します。一部の市区町村ではeLTAX経由の電子データとして受け取ることも可能です。

Q. 住民税特別徴収税額決定通知書の確認ポイントは何ですか？

A. 主に7項目です。（1）対象者の人数と氏名、（2）給与支払報告書との突合、（3）月割額合計と年税額の一致、（4）市区町村ごとの内訳、（5）ふるさと納税・住宅ローン控除の反映、（6）納入書の支払期限、（7）納税義務者用通知書の従業員配付。給与ソフト反映前に必ず確認します。

Q. 住民税の特別徴収はeLTAXで電子化できますか？

A. はい、令和6年度（2024年度）以降、特別徴収義務者用通知書・納税義務者用通知書ともにeLTAX経由で電子データとして受領できます。ただし市区町村によって対応状況が異なるため、電子化を希望する場合は事前にeLTAXで申請し、紙の通知も並行で来ないか確認することが重要です。

Q. 6月の住民税だけ金額が多いのはなぜですか？

A. 年間税額を12で割って月割額を算出する際、100円未満の端数を6月分にまとめてカウントするためです。たとえば年税額が120,500円であれば、6月分10,500円・7月～翌5月分10,000円ずつとなります。これは制度上の仕様で誤りではありません。

Q. 中途採用者の住民税が想定より高いのはなぜですか？

A. 住民税は前年（令和7年1月1日～12月31日）の所得をもとに計算されるため、前職の給与所得も合算されます。前職給与が高かった従業員は、6月以降の住民税が予想より高額になることがあります。中途採用時に「前職分が合算される」旨を説明しておくことで、入社後のトラブルを防げます。

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参考資料・出典

• eLTAX：個人住民税特別徴収税額通知の特設ページ
• 東京都主税局：個人住民税と特別徴収について
• 札幌市：個人市・道民税（住民税）の給与からの特別徴収について

本記事は道濟会計事務所が監修しました。公開日：2026年5月13日