36協定の指導見直し2026｜9月1日から労基署が確認する健康確保措置

厚生労働省は令和8年8月19日、「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」と題する報道発表を行いました。令和8年9月1日から、全国の働き方改革推進支援センターと労働基準監督署の運用が変わります。「残業規制が緩くなるのか」と受け取った経営者の方もいらしたかもしれません。結論から申し上げると、労働基準法が定める上限規制そのものは何も変わっていません。変わるのは、労働基準監督署が何を重点的に確認するかという指導の運用と、事業者が受けられる相談・支援の中身です。本記事では堺市の税理士事務所として厚生労働省の一次資料を確認し、36協定を締結している中小企業が9月1日までに何を点検すべきかを整理します。

制度・改正の概要

今回の見直しは、令和8年7月21日に閣議決定された「日本成長戦略」と「経済財政運営と改革の基本方針2026」の記載を踏まえたものです。報道発表では、これらの閣議決定において次の2点が示されたと説明されています。

1つは「36協定の締結や柔軟な労働時間制度の活用について、よろず支援拠点等との連携を強化しつつ、『働き方改革推進支援センター』や労働基準監督署による相談支援の充実を速やかに実施する」こと。もう1つは「労働基準監督署において、重大・悪質な事案に対しては厳正に対応しつつ、労働時間や労働者の健康確保措置に関する労使の合意にのっとった指導が行われるよう速やかに見直す」ことです。この2つが、そのまま以下の2つの取組に対応しています。

取組1：36協定の締結等に関する相談・支援の充実

全国の働き方改革推進支援センターに、36協定や特別条項の締結、柔軟な労働時間制度の活用を支援する専門相談窓口が設けられます。あわせて、同センターと労働基準監督署の労働時間相談・支援班がチームを組み、36協定や特別条項の締結に関するアウトリーチ型の訪問支援を行うとされています。相談を待つだけでなく訪問して支援する形が明示されたのが特徴です。

さらに、よろず支援拠点や商工会議所等との連携を強化し、労務相談のみならず経営課題の相談にも対応できる体制を構築するとされています。厚生労働省が同時に公表したリーフレットによると、働き方改革推進支援センターでは社会保険労務士等の専門家が労務管理の実務に関する提案を中心に、労働基準監督署の職員は労働時間に関する法令の説明を中心に支援し、いずれも無料です。よろず支援拠点では中小企業診断士等が経営改善計画の策定や資金繰り改善を担うとされています。

取組2：労働基準監督署における対応の見直し

報道発表の記述は次のとおりです。「時間外・休日労働時間数のみに着目して1か月45時間以内への削減を求める一律の指導を見直し、各事業場が36協定で定める健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じた必要な指導を行うこととします」。そして「なお、個々の事業場の実態を踏まえて、過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導を行います」と続きます。

つまり、確認の軸が「時間数だけを見る」から「協定した健康福祉確保措置が実際に行われているかを見る」へ移るという趣旨です。指導がなくなるわけではなく、健康障害のおそれが高い場合の指導は明示的に維持されています。

前提となる36協定と上限規制の枠組み

労働基準法では労働時間は原則として1日8時間・1週40時間とされ、これを超えて時間外労働をさせるには、過半数労働組合または労働者の過半数を代表する者と労働基準法第36条に基づく協定（36協定）を締結し、所轄労働基準監督署長に届け出る必要があります。2019年4月（中小企業は2020年4月）からは、この協定で定められる時間に罰則付きの上限が設けられています。

中小企業への実務影響

影響1：36協定は「書いて終わり」では済まなくなる

最も直接的な影響は、36協定に記載した健康福祉確保措置の実施状況が確認の重点になることです。特別条項付きの36協定では、限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置を協定で定めます。厚生労働省の指針第8条は、次の9つの中から協定することが望ましいとしています。

• ☑ 医師による面接指導
• ☑ 深夜業の回数制限
• ☑ 終業から始業までの休息時間の確保（勤務間インターバル）
• ☑ 代償休日・特別な休暇の付与
• ☑ 健康診断
• ☑ 連続休暇の取得
• ☑ 心とからだの相談窓口の設置
• ☑ 配置転換
• ☑ 産業医等による助言・指導や保健指導

実務では、様式を埋めるためにこの欄を選んだものの、選んだ措置が現場で運用されていない例が少なくありません。確認の重点がここに移るのであれば、「協定した措置を実施した記録」が説明の材料になります。

影響2：一律指導の見直しは「規制緩和」ではない

ここは誤解が生じやすい点です。罰則の対象となるのは、36協定で定めた時間数にかかわらず、実際に時間外労働と休日労働の合計が月100時間以上となった場合、または2か月から6か月までのいずれかの平均で80時間を超えた場合です（労働基準法第36条第6項）。この基準は今回の見直しで一切変わっていません。

また、特別条項を設けていない36協定で月45時間・年360時間の限度時間を超えて働かせれば、協定の範囲外の時間外労働となり、労働基準法第32条違反として処罰される可能性があります。「45時間を超えても指導されない」と読み替えるのは危険です。

影響3：無料の相談・支援を使いやすくなる

中小企業にとって実利があるのはこちらです。36協定の書き方・結び方、複雑な労働時間のルール、自社の実態に合った社内規程、労働基準監督署への届出書類と届出方法——リーフレットに挙げられているのは、まさに中小企業の現場で日常的に起きている悩みです。これらを無料で相談でき、必要に応じて訪問支援まで受けられます。

影響4：協定そのものが有効かどうかも問われる

確認の重点が協定の中身に移るということは、その協定が有効に成立しているかも同時に問われることになります。厚生労働省の資料では、過半数労働組合の要件を満たさない場合や、使用者が指名した者を代表者とした場合、社員親睦会の幹事などを自動的に選任した場合には36協定は無効と明記されています。無効であれば、その協定を根拠とする時間外労働は違法な残業となります。選出方法の記録が残っているかを確認してください。

影響5：労務と経営をまとめて相談できる

よろず支援拠点や商工会議所等との連携強化により、労務相談から経営課題の相談へつなぐ体制が構築されるとされています。人手不足のなかで残業時間を減らすには、業務の見直しや設備投資といった経営面の手当てが必要になることが多く、労務と経営を切り離さずに相談できる窓口は実務的な意味があります。中小企業事業主向け助成金の相談も、働き方改革推進支援センターの支援内容として挙げられています。

9月1日で変わること・変わらないことの比較

令和8年8月31日までの状態と、令和8年9月1日に効力が生じる新しい運用を並べると、法律の枠組みは動かず行政の運用と支援体制だけが変わる構造がはっきりします。

当事務所の見解・実務上の注意点

「緩和された」と受け取ると民事上のリスクが残る

今回の見直しは行政指導の運用に関するものであり、民事上の責任には何の影響もありません。厚生労働省の指針第3条は、36協定の範囲内で労働させた場合であっても労働契約法第5条の安全配慮義務を負うことに留意しなければならないと明記しています。また、脳・心臓疾患の認定基準（令和3年9月14日付け基発0914第1号）では、1週間当たり40時間を超える労働時間が月45時間を超えて長くなるほど業務と発症との関連性が徐々に強まり、月100時間または2〜6か月平均で80時間を超える場合には関連性が強いとされています。この医学的知見も変わっていません。労働基準監督署から指導を受けなかったことは、労災認定や損害賠償請求の場面で会社を守る材料にはなりません。

いま最も効くのは「協定した措置の棚卸し」

当事務所が顧問先にお伝えしているのは、9月1日を待たずに36協定の写しを開き、健康福祉確保措置の欄に何を書いたかを確認することです。ここから先は公表資料に書かれていない部分ですので、当事務所の読みとして申し上げます。確認の重点が「協定した措置の実施状況」に移るのであれば、実施していることを示す記録の有無が、説明の負担を大きく左右すると考えています。勤務間インターバルを協定しているなら勤怠データ、医師による面接指導なら実施記録、相談窓口なら周知文書と対応記録が、それぞれ最も素直な裏付けになります。なお、労働基準監督署が実際にどのような手順で確認を行うかは公表されていませんので、断定はできません。

もう1点補足すると、今回の見直しは指導の「重点」に関するものであり、臨検監督や是正勧告といった労働基準監督署の権限を縮小するものではありません。報道発表でも、重大・悪質な事案には厳正に対応するという閣議決定の記載が引用されています。賃金不払残業などは従来と同様に厳しく扱われると読むのが自然です。

税務・経理の実務にもつながる論点

労働時間の管理は、給与計算と決算にも直結します。中小企業でも2023年4月1日から月60時間を超える時間外労働の割増賃金率は50％です。労働時間の把握が甘いまま残業代の計算が過小になっていれば、それは決算書に現れない未払残業代という簿外債務になります。金融機関への説明やM&A・事業承継の場面で問題化しやすい論点です。労働時間の客観的な把握を勤怠システムで仕組み化することは、クラウド会計・DXのご支援の中でもご相談の多いテーマです。労務と税務をまたぐ論点は分断されがちですので、堺市の税務顧問として給与計算・決算まで見通したうえで整理することをおすすめしています。

今すぐやるべきこと

令和8年9月1日までに、次の順番で進めてください。1と2は書類を開くだけで済みます。

1. ステップ1：現行の36協定の写しを手元に用意する
   まず、所轄労働基準監督署に届け出た最新の36協定（様式第9号または特別条項付きの様式第9号の2）の写しを用意し、対象期間・有効期間が現在も有効かを確認します。有効期間が切れたまま時間外労働をさせていれば、それ自体が法違反です。労働保険番号と法人番号の記載漏れも、厚生労働省がリーフレットで注意喚起している点です。
2. ステップ2：協定した健康福祉確保措置の欄を確認する
   特別条項付きの協定書には、限度時間を超えて労働させる労働者に対する健康及び福祉を確保するための措置を記載する欄があります。自社が9つの措置のうちどれを選んで協定したのかを、この欄で正確に確認してください。9月1日以降、労働基準監督署が重点的に確認するとされているのは、まさにこの「協定した措置の実施状況」です。
3. ステップ3：協定した措置の実施記録を整える
   医師による面接指導を選んでいれば実施日と対象者の記録、勤務間インターバルを選んでいれば実際の休息時間が確保されたことを示す勤怠データ、相談窓口の設置を選んでいれば窓口の周知方法と相談対応の記録が必要になります。協定書に書いてあるだけで運用していない状態が、今回の見直しで最も説明に困る状態です。
4. ステップ4：月100時間・複数月平均80時間の実績を月次で把握する
   罰則の対象となるのは、36協定で定めた時間数にかかわらず、実際に時間外労働と休日労働の合計が月100時間以上となった場合、または2か月から6か月までのいずれかの平均で80時間を超えた場合です。この平均は36協定の起算日をまたいで計算する必要があるため、年度で区切った集計だけでは足りません。
5. ステップ5：9月1日以降は無料の相談・支援を活用する
   36協定の書き方や届出方法、柔軟な労働時間制度の導入、中小企業事業主向け助成金について、働き方改革推進支援センターの専門相談窓口に相談できます。さらに経営改善や資金繰りの相談はよろず支援拠点につながる体制が構築されるとされています。労務と経営をまとめて相談できる機会として活用してください。

よくある質問

Q. 令和8年9月1日から残業の上限が緩くなるのですか？

A. いいえ、法律上の上限は変わりません。時間外労働の限度時間は原則として月45時間・年360時間で、臨時的な特別の事情があって労使が合意する場合でも年720時間以内、時間外労働と休日労働の合計が月100時間未満、2か月から6か月までのいずれの平均でも80時間以内という枠は維持されています。今回見直されたのは労働基準監督署が行う相談・支援と監督指導の運用であり、労働基準法の条文や罰則そのものの改正ではありません。

Q. 月45時間を超えても指導されなくなるのですか？

A. そうとは限りません。厚生労働省の公表資料では、時間外・休日労働の時間数のみに着目して1か月45時間以内への削減を求める一律の指導を見直すとされていますが、同時に「過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導を行います」と明記されています。また、特別条項のない36協定で限度時間を超えて働かせれば、協定の範囲を超えた時間外労働として、労働基準法第32条違反となり得る点も従来と変わりません。

Q. 36協定に健康及び福祉を確保するための措置は必ず書かなければいけませんか？

A. 限度時間を超えて労働させる特別条項を設ける場合は、健康及び福祉を確保するための措置を協定で定める必要があります。厚生労働省の指針第8条では、医師による面接指導、深夜業の回数制限、勤務間インターバルの確保、代償休日・特別な休暇の付与、健康診断、連続休暇の取得、心とからだの相談窓口の設置、配置転換、産業医等による助言・指導や保健指導という9つの中から協定することが望ましいとされています。自社がどれを選んだかは協定書の該当欄で確認できます。

Q. 相談窓口の利用は有料ですか？

A. 厚生労働省のリーフレットには「私たちが無料で支援します！」と明記されており、働き方改革推進支援センターと労働基準監督署の労働時間相談・支援班による支援は無料です。センターでは社会保険労務士等の専門家が労務管理の実務に関する提案を中心に、労働基準監督署の職員は労働時間に関する法令の説明を中心に支援します。柔軟な労働時間制度の導入や中小企業事業主向け助成金についても相談できるとされています。

Q. 過半数代表者はどのように選べばよいですか？

A. 労働者の過半数で組織する労働組合がない場合は、労働者の過半数を代表する者と協定する必要があります。厚生労働省の資料では、使用者が指名した場合や社員親睦会の幹事などを自動的に選任した場合など、選出が適正に行われていないときは36協定は無効になると明記されています。無効であれば、その協定に基づく時間外労働は根拠を欠くことになります。誰がどのような方法で選ばれたのかがわかる記録を残しておくことが重要です。

Q. 建設業や自動車運転の業務も同じ扱いになりますか？

A. 建設事業、自動車運転の業務、医師、鹿児島県及び沖縄県における砂糖製造業は、令和6年4月1日から上限規制が適用されています。ただし自動車運転の業務は年960時間、医師は年最大1,860時間（休日労働を含む）など、適用される上限時間が一般則と異なります。これらの業種では、自社に適用される上限時間が一般則と異なるため、今回の見直しを読む前に、まず適用される上限を正確に確認してください。

参考資料・出典

本記事の事実関係は、以下の公的資料に直接あたって確認しています。制度の詳細や自社への当てはめは、必ず原典と所轄の労働基準監督署でご確認ください。

• 厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」（令和8年8月19日報道発表）
  今回の見直しの一次情報です。2つの取組の内容と開始日が記載されています。
• 厚生労働省リーフレット「労務管理の『困った！』を解決　私たちが重点的にサポートします」
  働き方改革推進支援センターと労働時間相談・支援班の役割分担、無料である旨が示されています。
• 厚生労働省「36協定で定める時間外労働及び休日労働について留意すべき事項に関する指針」（令和7年6月）
  限度時間、特別条項の上限、指針第8条の健康福祉確保措置9項目が確認できます。
• 厚生労働省「働き方改革関連法に関するハンドブック（時間外労働の上限規制等について）」
  上限規制の全体像、中小企業への適用開始日、適用猶予・除外業務の上限時間が整理されています。
• 厚生労働省「働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律について」
  36協定の記載例・様式・指針全文がまとまったページです。
• 厚生労働省「スタートアップ労働条件」事業者向けQ&A（罰則が適用される場合）
  労働基準法第36条第6項違反として罰則の対象となる具体的な場合が解説されています。