相続した空き家の3000万円特別控除2026｜売却の要件と期限を解説

親が亡くなって誰も住まなくなった実家を相続したものの、活用の予定がなく「とりあえずそのまま」になっている——中小企業の経営者やそのご家族から、こうしたご相談を数多くいただきます。空き家を放置すると固定資産税や管理の負担が続くうえ、特定空家に指定されれば固定資産税の住宅用地特例が外れて税負担が増えるリスクもあります。そこで知っておきたいのが、相続した空き家を売ったときに譲渡所得から最高3,000万円を差し引ける特別控除です。本記事では、被相続人の居住用財産（空き家）に係る3,000万円特別控除の要件・期限・手続きを、国税庁の最新情報にもとづいて税理士が実務目線で解説します。

空き家の3000万円特別控除とは｜制度の概要

「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例」は、相続または遺贈により取得した被相続人居住用家屋やその敷地等を、一定の要件のもとで売却した場合に、譲渡所得の金額から最高3,000万円を控除できる制度です。国税庁タックスアンサーNo.3306で定められており、対象となるのは平成28年4月1日から令和9年12月31日までの間に行う譲渡です。

譲渡所得は「売却代金−（取得費＋譲渡費用）−特別控除」で計算し、その金額に対して所得税・住民税（長期譲渡所得の場合は合わせて20.315%）が課税されます。古い実家は取得費が不明だったり概算取得費（売却代金の5%）でしか計算できなかったりすることが多く、結果として譲渡益が大きく膨らみがちです。そこで3,000万円という大きな控除枠が使えるかどうかで、納税額は数百万円単位で変わります。

なお、空き家のまま放置していると、管理不全や老朽化により市区町村から「特定空家」等に指定され、固定資産税の住宅用地特例（小規模住宅用地で課税標準が6分の1になる軽減）の対象から外れて固定資産税が大幅に増えるおそれもあります。売却の予定があるのなら、この特例の期限を意識しつつ早めに動くことが、税負担・管理負担の両面で合理的です。

対象となる「被相続人居住用家屋」の3要件

特例の対象となる被相続人居住用家屋とは、相続開始の直前において被相続人が居住の用に供していた家屋で、次の3つの要件すべてに当てはまるものをいいます（主として居住していた一の建築物に限ります）。

• 昭和56年5月31日以前に建築されたこと（いわゆる旧耐震基準の家屋）。
• 区分所有建物登記がされている建物でないこと（分譲マンション等は対象外）。
• 相続開始の直前において、被相続人以外に居住をしていた人がいなかったこと（被相続人がひとり暮らしだったこと）。

なお、被相続人が要介護認定等を受けて老人ホーム等に入所していたために、相続開始の直前に居住していなかった場合でも、一定の要件を満たせば「従前居住用家屋」として対象になります（詳細は国税庁No.3307）。「亡くなる前は施設にいたから対象外」と早合点せず、入所前の居住状況を確認することが大切です。

3つの売却パターンと令和6年改正

この特例の適用を受けるには、次のいずれかの形で売却する必要があります。家屋を「耐震性のある状態」にして売るか、「取り壊して更地」で売るか、が基本的な分かれ道です。

従来は、売主側が引渡しまでに耐震改修または取壊しを終えていなければなりませんでしたが、令和6年1月1日以後の譲渡からは、買主が譲渡の日の属する年の翌年2月15日までに耐震改修または取壊しを行う場合も対象に加わりました（パターンハ）。売主にとっては、解体費用や改修工事を負担せずに更地渡し・現況渡しで売れる選択肢が増えたことになり、実務上の使い勝手が大きく向上しています。

相続した実家の売却で受ける実務影響

この特例は、中小企業経営者やそのご家族にとって「相続後の資産整理」の場面で直接効いてきます。後継者が事業を引き継ぐ一方で、亡くなった先代が住んでいた実家は誰も使わない、というケースは珍しくありません。売却益にそのまま課税されるのと、3,000万円を控除できるのとでは、手元に残るキャッシュが大きく変わります。

適用を受けるための主な要件

家屋・敷地の要件に加えて、売主側・売却条件についても次の要件を満たす必要があります。一つでも欠けると特例は使えません。

• ☑ 売った人が、相続または遺贈により被相続人居住用家屋および敷地等を取得した相続人であること
• ☑ 相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
• ☑ 売却代金が1億円以下であること（分割売却や他の相続人の売却分も合算して判定）
• ☑ 相続の時から譲渡の時まで、事業・貸付け・居住の用に供されていないこと
• ☑ 親子や夫婦など「特別の関係がある人」への売却でないこと
• ☑ 同じ家屋・敷地について、相続税の取得費加算の特例など他の特例の適用を受けていないこと

貸したり住んだりすると使えなくなる

相続後に「空いているのはもったいないから」と賃貸に出したり、リフォームして親族が住んだりすると、その時点で「相続の時から譲渡の時まで事業・貸付け・居住の用に供されていないこと」という要件を満たさなくなり、特例は使えなくなります。売却の方針が固まっているのであれば、中途半端に活用せず、空き家のまま売却手続きを進めるのが税務上は有利です。この判断は管理コストとのバランスもあるため、早い段階で方針を決めておく必要があります。

相続登記の義務化にも注意

空き家を売るには、その前提として被相続人名義の不動産を相続人名義に変える「相続登記」が必要です。令和6年4月1日からは相続登記の申請が義務化され、相続によって不動産を取得したことを知った日から3年以内に登記申請をしないと、正当な理由がない場合は過料の対象になり得ます。売却時にはどのみち登記が必要ですが、「とりあえず空き家のまま」にしている間に相続登記も放置してしまうケースが少なくありません。3,000万円控除の期限（相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日）と相続登記の期限はいずれも「3年」が目安になるため、相続発生後は早めに登記と売却方針の検討を進めましょう。

当事務所の見解・実務上の注意点

当事務所では、相続案件のご相談を受ける際、実家の売却予定がある場合は遺産分割の段階からこの特例を見据えた助言を行っています。実務で特につまずきやすいポイントを3つ挙げます。

1. 「確認書」の取得に時間がかかる

この特例を受けるには、売った資産の所在地を管轄する市区町村長から交付を受けた「被相続人居住用家屋等確認書」を確定申告書に添付する必要があります。確認書の申請には、電気・ガス・水道の閉栓証明や除却（取壊し）に関する書類、相続後に賃貸等に使っていないことを示す資料などが求められ、市区町村ごとに必要書類や様式が異なります。発行までに日数を要することもあるため、売却の早い段階で役所の窓口に必要書類を確認しておくことをおすすめします。

2. 取得費加算との「選択」を間違えない

相続した不動産を売る際には、相続税のうち一定額を取得費に加算できる「相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例」もあります。しかし、空き家の3,000万円特別控除は、同じ家屋・敷地についてこの取得費加算など他の特例と併用できません。どちらが有利かは、納めた相続税額や譲渡益の大きさによって変わります。3,000万円控除のほうが有利になるケースが多いものの、相続税を多額に納めている場合は取得費加算が勝つこともあるため、両方を試算して選択することが大切です。

3. 自宅の3,000万円控除（マイホーム特例）との混同に注意

同じ「3,000万円控除」でも、自分が住んでいたマイホームを売ったときの特例（No.3302）とは別制度です。空き家特例は「被相続人が住んでいた家」を相続人が売る場合の制度であり、要件も期限もまったく異なります。名称が似ているために混同されることが多いので、どちらの制度の話をしているのかを明確にして検討してください。

4. 取得費・譲渡費用の証拠書類も早めに集める

譲渡所得の計算では、控除の前に「取得費」と「譲渡費用」をできるだけ正確に拾うことも重要です。先代が家屋を取得したときの売買契約書や請負契約書が見つかれば、概算取得費（売却代金の5%）ではなく実額の取得費を使え、譲渡益をさらに圧縮できる可能性があります。また、取壊して売る場合の解体費用や、売却のための仲介手数料・測量費などは譲渡費用に含められます。古い書類は紛失していることが多いため、相続財産の整理と並行して、契約書・領収書を早めに探しておくことをおすすめします。3,000万円控除の範囲に収まるケースでも、書類をそろえておけば将来の税務調査で慌てずに済みます。

今すぐやるべきこと（チェックリスト）

相続した実家の売却を検討している方は、次のステップで進めると漏れがありません。

1. ステップ1：家屋の建築年と相続開始日を確認する
   登記事項証明書で建築年月日を確認し、昭和56年5月31日以前の建築かをチェックします。あわせて相続開始日から「3年を経過する日の属する年の12月31日」がいつになるかを逆算し、売却のタイムリミットを把握します。
2. ステップ2：売却方法（耐震改修か取壊しか現況渡しか）を決める
   耐震改修して売るのか、取り壊して更地で売るのか、令和6年改正を使って買主に工事してもらうのかを、解体費用・改修費用と売却スケジュールを踏まえて決定します。
3. ステップ3：賃貸・居住に使わず空き家のまま維持する
   売却までの間、第三者に貸したり親族が住んだりしないよう注意します。一度でも事業・貸付け・居住に使うと特例が使えなくなります。
4. ステップ4：市区町村に確認書の必要書類を問い合わせる
   「被相続人居住用家屋等確認書」の申請に必要な書類を、家屋所在地の市区町村に早めに確認し、閉栓証明などを準備します。
5. ステップ5：取得費加算との有利選択を税理士に相談する
   3,000万円控除と相続税の取得費加算のどちらが有利かを試算し、確定申告に向けて必要書類をそろえます。

よくある質問

Q. 相続した空き家を兄弟3人の共有で取得して売ると、控除額はどうなりますか？

A. 令和6年1月1日以後の譲渡で、その家屋・敷地等を取得した相続人の数が3人以上の場合は、1人あたりの控除上限が3,000万円から2,000万円に縮小されます。3人で共有していれば各人2,000万円までとなります。誰が取得するかで枠が変わるため、遺産分割の段階での検討が重要です。

Q. 親が亡くなる前に老人ホームへ入所していた場合でも、この特例は使えますか？

A. 要介護認定等を受けて老人ホーム等に入所していたなど、特定事由により相続開始の直前に居住していなかった場合でも、一定の要件を満たせば「従前居住用家屋」として対象になり得ます。入所前の居住状況や入所後の利用状況を確認したうえで判断してください（国税庁No.3307）。

Q. 売却の期限はいつまでですか？

A. 相続の開始があった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売る必要があります。あわせて、この特例自体が令和9年12月31日までの譲渡を対象とする制度である点にも注意してください。期限を過ぎると適用できません。

Q. 売却代金が1億円を少し超えそうですが、どうなりますか？

A. 売却代金が1億円を超えると、この特例は一切適用できません。さらに、同じ被相続人居住用家屋等を分割して売った部分や、他の相続人が売った部分も合算して1億円以下かどうかを判定します。一部を先に売ってしまうと後から枠を超えることもあるため、全体の売却計画を立ててから進めてください。

Q. 相続税の取得費加算の特例と、両方使えますか？

A. 同じ家屋・敷地については併用できず、どちらか一方を選択することになります。一般的には3,000万円控除のほうが有利なケースが多いものの、相続税を多く納めている場合は取得費加算が有利になることもあります。両方を試算して有利なほうを選びましょう。

Q. 確定申告では、どんな書類が必要になりますか？

A. 譲渡所得の内訳書に加えて、売却の所在地を管轄する市区町村長から交付を受けた「被相続人居住用家屋等確認書」、売買契約書の写し、登記事項証明書などが必要です。確認書は申請から交付まで日数を要することがあるため、確定申告の直前ではなく、売却の段取りと並行して早めに準備を進めてください。控除を受けるには、譲渡した年の翌年2月16日から3月15日までの確定申告が必要です。

参考資料・出典

• 国税庁 No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除の特例
• 国税庁 No.3307 被相続人が老人ホーム等に入所していた場合の被相続人居住用家屋
• 国税庁 No.3302 マイホームを売ったときの特例