株式の売却益にかかる税金2026｜申告分離課税と確定申告を解説

株価が上昇する局面では、保有していた株式を売却して利益（譲渡益）を得る機会が増えます。一方で、株式の売却益に対する課税や申告漏れが注目される事例も報じられており、「いくら税金がかかるのか」「確定申告は必要なのか」と不安に感じる方も多いのではないでしょうか。本記事では、上場株式の売却益にかかる税率20.315％の内訳から、特定口座を使う場合の確定申告の要否、損失が出たときの取り戻し方、NISAや自社株との違いまで、堺市の税理士が実務目線で整理します。読み終える頃には、ご自身が確定申告をすべきかどうかの判断がつくはずです。

株式の売却益にかかる税金の概要

株式を売却して得た利益は、税法上「株式等に係る譲渡所得等」として扱われます。給与所得や事業所得のように他の所得と合算して累進税率で課税する「総合課税」ではなく、他の所得と切り離して一定税率で課税する「申告分離課税」が適用される点が最大の特徴です。国税庁タックスアンサーNo.1463でも、上場株式等・一般株式等の譲渡所得等はいずれも申告分離課税となることが明記されています。

総合課税であれば、所得が増えるほど税率が上がる超過累進税率（最高で所得税45％＋住民税10％）が適用されますが、株式の売却益は分離課税のため、利益が1万円でも1億円でも税率は一律20.315％です。高額の利益が出た人にとっては相対的に軽い税率である一方、少額の利益しか出ていない人にとっては割高に感じられることもあります。この「一律課税」という仕組みを理解しておくことが、後述する確定申告の有利・不利を判断する出発点になります。

税率は20.315％――その内訳

上場株式等を売却したときの税率は、合計20.315％です。内訳は次のとおりで、この税率は所得の大小にかかわらず一律に適用されます。

売却益（譲渡所得）の計算方法

課税の対象になる売却益は、単純に「売れた金額」ではありません。国税庁が示す計算式は「総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋委託手数料等）」です。取得費とは、その株式を買ったときの購入代金に買付手数料などを加えた金額を指します。たとえば取得費80万円の株式を120万円で売却し、売買手数料が合計1万円だった場合、譲渡所得は120万円－（80万円＋1万円）＝39万円となり、これに20.315％を乗じた約7万9,000円が税額の目安です。

配当金にも20.315％――課税方式は選べる

株式を保有して受け取る配当金（上場株式等の配当等）も、原則20.315％（所得税および復興特別所得税15.315％、住民税5％）が源泉徴収されます。配当については総合課税・申告分離課税・申告不要制度の3つから選択でき、申告分離課税を選ぶと後述する譲渡損失との損益通算が可能になります。課税所得が低い方は総合課税と配当控除を使ったほうが有利になるケースもあり、売却益と配当は分けて考える必要があります。

個人投資家・中小企業オーナーへの実務影響

「税率は分かったが、結局自分は確定申告をするのか」という点が最も気になるところでしょう。ここは口座の種類によって大きく変わります。証券口座には特定口座（源泉徴収あり）・特定口座（源泉徴収なし）・一般口座の3種類があり、それぞれ申告の扱いが異なります。

源泉徴収ありでも「申告したほうが得」なケース

特定口座（源泉徴収あり）なら証券会社が税金を天引きして納めてくれるため、多くの個人投資家は確定申告なしで完結します。しかし、次のようなケースではあえて確定申告をしたほうが有利になります。

• ☑ その年にトータルで損失が出た（翌年以降3年間の繰越控除を使うため）
• ☑ 複数の証券会社で利益と損失があり、通算すると天引きされた税金が戻る
• ☑ 申告分離課税を選んだ配当と、譲渡損失を損益通算したい
• ☑ 外国株の配当で外国税額控除を受けたい

損失は3年繰り越せる――具体例で確認

上場株式等の売却で損失が出た場合、その年の上場株式等の配当所得等（申告分離課税を選択したもの）と損益通算できます。それでも控除しきれない損失は、確定申告を続けることを条件に翌年以後3年間にわたって繰越控除が可能です。相場が下落した年こそ、確定申告で損失を確定させておくことが将来の節税につながります。

たとえば、A証券で40万円の利益、B証券で30万円の損失が出た年を考えます。それぞれの特定口座（源泉徴収あり）では、A証券で40万円×20.315％＝約8万1,000円が天引きされ、B証券は損失なので天引きはありません。しかし、両口座を合算した本当の利益は10万円だけです。確定申告で損益通算すれば、税額は10万円×20.315％＝約2万円で済み、差額の約6万1,000円が還付されます。申告しなければこの還付は受けられません。さらに、通算しても損失が残った年は、その残った損失を翌年以降3年間繰り越し、将来利益が出た年の税金と相殺できます。

給与所得者の「20万円ルール」との関係

会社員など1か所から給与を受けている方は、給与所得・退職所得以外の所得の合計が年20万円以下であれば、所得税の確定申告は不要とされています。一般口座や源泉徴収なしの特定口座で得た少額の売却益であれば、この範囲に収まることがあります。ただし注意したいのは、この20万円ルールはあくまで所得税の話であり、住民税にはこの基準がないという点です。所得税の申告が不要な場合でも、原則として市区町村への住民税の申告は必要になります。「20万円以下だから何もしなくてよい」と誤解しないようにしましょう。なお、特定口座（源泉徴収あり）で源泉徴収が完結している利益は、そもそもこの判定に含める必要はありません。

令和6年度から所得税と住民税の課税方式が一致

かつては、所得税では申告分離課税で申告して還付を受けつつ、住民税では「申告不要」を選んで住民税や国民健康保険料の負担増を避ける、という有利な選択が可能でした。しかし令和4年度税制改正により、令和6年度分の個人住民税（令和5年分の所得）以降は、所得税と住民税で異なる課税方式を選択できなくなりました。所得税で申告すれば住民税でも同じ扱いとなり、株式の利益は住民税上の合計所得金額にも算入されます。その結果、扶養控除・配偶者控除の判定、住民税の非課税判定、国民健康保険料や介護保険料の算定に影響が及びます。「所得税だけ申告して住民税は申告不要」という節税テクニックは使えなくなった点は、必ず押さえておきましょう。

中小企業オーナーの自社株は「一般株式等」

見落とされがちなのが、非上場の中小企業オーナーが自社株（非上場株式）を売却するケースです。非上場株式は「一般株式等」に区分され、上場株式等とは損益通算ができません。事業承継やM&Aで自社株を譲渡する際は、同じ20.315％の申告分離課税でも取得費の把握が難しく、みなし配当課税や取得費加算の特例など論点が複雑になります。上場株式と同じ感覚で考えると思わぬ課税が生じるため、譲渡前の設計が欠かせません。中小企業の税務全般については堺市の税務顧問サービスでも継続的にサポートしています。

当事務所の見解・実務上の注意点

「申告不要=有利」とは限らない

実務でよくあるのが、「特定口座（源泉徴収あり）だから何もしなくてよい」と考え、損失が出た年も申告をせずに繰越控除の権利を失ってしまうケースです。逆に、扶養の範囲で働く配偶者が利益を申告してしまい、扶養から外れて世帯全体の手取りが減ってしまう例もあります。当事務所では、口座単位ではなく世帯全体の所得・社会保険・扶養への影響まで見たうえで、申告する・しないを判断することをおすすめしています。

NISAを最優先で使い切る

2024年からの新しいNISAでは、つみたて投資枠が年間120万円、成長投資枠が年間240万円（合計最大360万円）、生涯の非課税保有限度額は1,800万円（うち成長投資枠は1,200万円）まで拡大し、非課税保有期間も無期限になりました。NISA口座内の売却益・配当は非課税で、そもそも20.315％の課税対象になりません。課税口座で運用する前に、まずNISAの非課税枠を優先的に活用するのが基本戦略です。加えて、NISA口座での取引は損益通算や繰越控除の対象外である点も理解しておく必要があります。NISA内で損失が出ても課税口座の利益と相殺することはできないため、値動きの大きい銘柄を課税口座、長期保有の銘柄をNISAに置くなど、口座の役割分担を意識すると税務上も運用上も効率的です。

無申告は必ず把握される

証券会社は顧客の取引状況を税務当局に報告する仕組みがあり、一般口座や源泉徴収なし口座で得た利益を申告しないでいると、後日、無申告加算税や延滞税を含めて追徴されるリスクがあります。特に多額の売却益や国外送金が絡む場合は税務調査の対象になりやすく、「バレないだろう」という判断は禁物です。適正な申告こそ、結果的に負担を最小化する近道です。

売却前の「シミュレーション」が最も効く

株式の税金対策で最も効果が大きいのは、実は売却した後ではなく売却する前の設計です。含み益のある銘柄を売る年・売らない年を意図的にコントロールすれば、利益が集中して他の判定に影響する事態を避けられます。また、含み損のある銘柄を同じ年に売って利益と相殺する「損出し」も有効な手法です。年末が近づく12月は、その年の損益を確定させる最後のタイミングとなるため、取引履歴を早めに集計し、必要に応じて専門家に相談しておくと安心です。

今すぐやるべきこと（チェックリスト）

株式を売却した方、これから売却を予定している方が、確定申告に向けて準備すべき手順を整理しました。順番に確認していきましょう。

1. ステップ1：口座の種類を確認する
   自分の証券口座が「特定口座（源泉徴収あり）」「源泉徴収なし」「一般口座」のどれかを確認します。源泉徴収ありなら原則申告不要、それ以外は申告が必要です。
2. ステップ2：年間取引報告書を用意する
   証券会社から交付される「特定口座年間取引報告書」を集めます。複数の証券会社を使っている場合はすべて手元に揃えます。
3. ステップ3：損益を通算し、損失の有無を確認する
   すべての口座の譲渡損益と、申告分離課税を選ぶ配当を合算します。トータルで損失なら、繰越控除のために確定申告を行います。
4. ステップ4：世帯への影響をチェックする
   申告することで合計所得金額が増え、扶養・国民健康保険料・窓口負担などに影響しないかを確認します。影響が大きい場合は源泉徴収ありの申告不要を維持します。
5. ステップ5：NISA枠と来期の方針を見直す
   翌年以降は課税口座より先にNISAの非課税枠を使い切る計画を立て、必要に応じて税理士に相談します。

確定申告そのものが不安な個人投資家・フリーランスの方は、堺市の個人向け確定申告サポートもご検討ください。

よくある質問

Q. 特定口座（源泉徴収あり）なら、確定申告は本当にしなくてよいのですか？

A. その口座内の売却益については申告不要を選択できます。ただし、損失を翌年以降に繰り越したい場合や、他の証券会社の口座と損益通算したい場合は、確定申告をすることで初めて税金の還付や繰越が受けられます。申告するかどうかは有利・不利を比較して選べます。

Q. 株の売却益にかかる税金はいくらですか？

A. 上場株式等の場合、売却益に対して一律20.315％（所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％）が課税されます。たとえば売却益が100万円なら、税額は約20万3,150円が目安です。所得が多くても少なくても税率は変わりません。

Q. 株で損をした年でも確定申告をする意味はありますか？

A. あります。損失は申告分離課税を選んだ配当所得等と損益通算でき、控除しきれない分は翌年以後3年間繰り越せます。損失が出た年に申告しておくことで、翌年以降に利益が出たときの税金を減らせるため、申告する価値は十分にあります。

Q. NISA口座で得た利益にも税金はかかりますか？

A. かかりません。NISA口座内の売却益・配当・分配金は非課税です。2024年からの新NISAは年間最大360万円、生涯1,800万円まで非課税で保有でき、保有期間も無期限です。課税口座より先にNISA枠を使うのが有利です。

Q. 非上場の自社株を売っても同じ税金ですか？

A. 税率は同じ20.315％の申告分離課税ですが、非上場株式は「一般株式等」に区分され、上場株式等とは損益通算できません。取得費の算定やみなし配当課税など論点が複雑なため、事業承継やM&Aで自社株を譲渡する前に税理士へ相談することをおすすめします。

Q. 株の利益を確定申告すると、住民税だけ申告不要にできますか？

A. できません。令和6年度分の住民税（令和5年分の所得）から、所得税と住民税の課税方式を一致させる改正が適用され、所得税で申告すれば住民税でも同じ扱いになります。かつて可能だった「所得税は申告、住民税は申告不要」という選択はできなくなったため、申告による社会保険料や扶養への影響も含めて判断する必要があります。

Q. 確定申告はいつまでにすればよいですか？

A. 原則として、利益が出た年の翌年2月16日から3月15日までが所得税の確定申告期間です。還付を受けるための申告（還付申告）は、この期間より前でも受け付けられ、対象となる年の翌年1月1日から5年間提出できます。損失の繰越控除を使う場合は、譲渡がない年も含めて毎年連続して申告する必要がある点に注意しましょう。

参考資料・出典

• 国税庁 No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）
• 国税庁 No.1476 特定口座制度
• 国税庁 No.1474 上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除
• 国税庁 No.1331 上場株式等の配当等に係る申告分離課税制度
• 金融庁 新しいNISA