事業承継・M&A補助金2026｜十六次公募は10月2日から・4つの枠

後継者への引継ぎやM&Aを考えていても、設備投資や専門家費用の負担が重くて動き出せない、という相談は中小企業の経営者から絶えません。その費用を国が補助する制度が「事業承継・M&A補助金」です。

中小企業庁は令和8年9月4日、この補助金の十六次公募の公募要領を公表しました。申請受付は令和8年10月2日から11月6日17時までの予定で、申請は電子申請（Jグランツ）のみです。本記事では中小企業庁の公表内容に沿って、4つの枠の補助率と補助上限、前回の十五次公募との違い、そして締切から逆算した準備の進め方を整理します。

制度・改正の概要｜十六次公募の受付期間と全体像

事業承継・M&A補助金は、中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一つとして実施されています。
中小企業庁は今回の公表資料で、この補助金の目的を
「事業承継・M&Aによる経営資源の引継ぎを行おうとする中小企業者等を後押しするため」と説明しています。

十六次公募の受付期間

受付期間は約5週間です。申請は「電子申請（Jグランツ）」のみでの受付とされており、
紙や郵送での申請はできません。

GビズIDプライムアカウントの取得が前提になる

中小企業庁は公表資料の留意事項で、Jグランツの申請にあたっては事前にGビズIDプライムアカウントの取得が必要であり、
アカウントの取得には2〜3週間程度が必要となるため、公募締め切りに余裕をもって手続を実施してください
と明記しています。

つまり、11月6日の締切に間に合わせるには、アカウントを持っていない事業者は
遅くとも10月上旬までに取得手続に入っておく必要があります。
公募開始日である10月2日から動き始めると、アカウント取得と申請書類の準備が重なることになります。

4つの枠の全体像

十六次公募で用意されている枠は次の4つです。どの枠を使うかは、承継の形と支出の中身で決まります。

• ☑ 事業承継促進枠：5年以内に親族内承継または従業員承継を予定している者の設備投資等
• ☑ 専門家活用枠：M&Aで経営資源を引継ぐ／引継がせる際の専門家活用費用
• ☑ PMI推進枠：M&A後の経営統合（PMI）に係る専門家活用費用や設備投資
• ☑ 廃業・再チャレンジ枠：事業承継・M&Aに伴う既存事業の廃業費用

なお、廃業・再チャレンジ枠は、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠と併用申請できます。

公募は年に複数回ある

この補助金は年に1回だけの公募ではありません。中小企業庁の公表資料をたどると、
令和8年に入ってからの受付期間は次のとおりです。

おおむね4か月おきに公募が行われてきた形です。
今回の十六次公募に間に合わない場合でも次の機会がある可能性はありますが、
次回以降の実施や内容が公表されているわけではありません。
設備の入替や後継者への引継ぎに時期の制約があるなら、間に合う回で申請するのが確実です。

「中小企業者等」と「小規模事業者」で補助率が変わる

事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型では、補助率が原則1/2で、
中小企業者等のうち小規模事業者に該当する場合は2/3とされています。
中小企業庁は中小企業基本法の定義として、中小企業者を製造業その他は資本金3億円以下または従業員300人以下、
卸売業は資本金1億円以下または従業員100人以下、小売業は資本金5千万円以下または従業員50人以下、
サービス業は資本金5千万円以下または従業員100人以下と示しています。
小規模企業者は製造業その他が従業員20人以下、商業・サービス業が従業員5人以下です。

十五次公募からの骨格は変わっていない

中小企業庁が令和8年5月22日に公表した十五次公募（受付期間は令和8年6月19日～7月24日）の内容と比べると、
4つの枠の構成、補助率、補助上限の骨格は同じです。
公表資料の記載で異なるのは、廃業・再チャレンジ枠の補助率が、十五次では「2/3又は1/2」と書かれていたのに対し、
十六次では「2/3」と書かれている点です。適用の詳細は公募要領で確認してください。

中小企業への実務影響｜4つの枠の補助率と補助上限

ここでは、中小企業庁が公表している枠ごとの補助率・補助上限・補助対象経費を整理します。
金額の大小だけでなく、誰が申請者になるかと何に使えるかを合わせて確認してください。

枠と類型の一覧

買い手支援類型と売り手支援類型の補助上限「600～800万円」について、中小企業庁は
800万円を上限に、DD（デュー・ディリジェンス）費用を申請する場合に200万円を加算する旨を注記しています。
また廃業・再チャレンジ枠の併用時の上限は、事業承継促進枠・専門家活用枠（小規模売り手支援類型を除く）・PMI推進枠と
併用する場合は300万円、専門家活用枠の小規模売り手支援類型と併用する場合は150万円とされています。

補助対象経費は枠ごとに大きく違う

専門家活用枠は「登録された」FA・仲介業者に限られる

M&A支援機関登録制度は、中小M&Aガイドラインの遵守の宣言等を登録要件として令和3年8月に創設された制度です。
中小企業庁は、事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）において、
あらかじめこの制度に登録されたFAまたは仲介業者の提供する支援に係る費用のみを補助対象とすると説明しています。
登録件数は令和8年8月20日時点で3,287件（法人2,531件、個人事業主756件）です。
登録支援機関は検索できるデータベースが提供されており、手数料体系も併せて公表されています。

賃上げで補助上限が上がる枠がある

事業承継促進枠とPMI推進枠の事業統合投資類型は、
一定の賃上げを実施する場合に補助上限が800万円から1,000万円に引き上げられます。
承継に合わせて賃上げを予定している事業者は、申請時にこの上限引上げの要件を満たせるかを公募要領で確認しておく価値があります。

当事務所の見解・実務上の注意点

締切から逆算すると、動き出すのは今月

この補助金でいちばん多い取りこぼしは、制度の内容ではなく手続の入口です。
申請はJグランツのみで、GビズIDプライムアカウントが前提です。
中小企業庁自身がアカウント取得に2〜3週間程度を要すると案内しています。
11月6日17時が締切、10月2日が受付開始という日程で考えると、
アカウントを持っていない事業者は9月中にGビズIDの取得手続に着手するのが現実的な線です。

加えて、専門家活用枠ではFAや仲介業者との契約が先行しますし、
事業承継促進枠では設備の見積取得が必要になります。
受付開始を待ってから相見積を取り始めると、5週間の受付期間は短く感じられます。

「M&Aの専門家に払った費用」がすべて対象になるわけではない

専門家活用枠でとくに注意したいのが、FA費用・仲介費用の対象範囲です。
中小企業庁は、M&A支援機関登録制度に登録されたFAまたはM&A仲介業者によるものに限ると明記しています。
契約してから登録の有無を確認するという順番では、支払った費用が補助対象から外れる可能性があります。
契約前に登録支援機関のデータベースで確認しておくことをおすすめします。
公表されている手数料体系と併せて見比べれば、業者選定そのものの判断材料にもなります。

廃業・再チャレンジ枠は「誰が申請するか」を先に決める

廃業・再チャレンジ枠については、中小企業庁が
再チャレンジの主体は、法人の場合は株主、個人事業主の場合は個人事業主本人となります
と明記しています。会社が申請者になるという思い込みで進めると、申請の主体を組み直すことになります。
また併用申請できる枠が決まっており、併用したときの補助上限は300万円か150万円に分かれます。
どの枠と組み合わせるかによって使える金額が変わるため、枠の組み合わせは設計の最初に決めるべき論点です。

補助金は受け取った後の税務処理まで見て設計する

補助金は、交付が決まった時点で税務上の処理を考えておく必要があります。
法人であれば収益計上の時期と圧縮記帳の適用可否、個人事業主であれば所得区分と収入計上時期の検討が必要です。
補助対象経費として計上した資産の取得価額と、補助金の受入額の対応も整理しておかなければなりません。
親族内承継を前提とした設備投資であれば、承継後の株式評価や相続時の取扱いにも影響します。
当事務所では、堺市の税務顧問として補助金の申請前の設計から
交付後の処理までを見ていますし、親族内承継が絡む場合は
相続税申告のサポートと一体で検討しています。

今すぐやるべきこと｜締切までの5ステップ

令和8年11月6日17時の締切に向けて、次の順で準備してください。

1. ステップ1：GビズIDプライムアカウントの有無を確認する
   すでに他の補助金でJグランツを使っていればアカウントがあるはずです。
   未取得なら直ちに手続に入ります。中小企業庁は取得に2〜3週間程度が必要と案内しているため、
   9月中の着手が安全です。
2. ステップ2：どの枠で申請するかを決める
   親族内承継・従業員承継の設備投資なら事業承継促進枠、
   M&Aの専門家費用なら専門家活用枠（買い手・売り手・小規模売り手のいずれか）、
   M&A後の統合ならPMI推進枠です。廃業を伴う場合は廃業・再チャレンジ枠の併用を検討します。
   事業承継促進枠は「5年以内に親族内承継または従業員承継を予定している者」が対象とされているため、
   承継の時期の見込みを先に固めておく必要があります。
3. ステップ3：専門家活用枠なら登録支援機関かどうかを確認する
   FAや仲介業者と契約する前に、M&A支援機関登録制度に登録されているかをデータベースで確認します。
   未登録の業者への支払は、FA費用・仲介費用として補助対象になりません。
4. ステップ4：見積と社内資料をそろえる
   設備投資であれば見積書、廃業を伴う場合は解体や在庫廃棄の見積、
   M&Aであれば専門家の報酬体系の資料を集めます。
   賃上げによる補助上限の引上げを狙う場合は、賃金の引上げ計画も整理しておきます。
5. ステップ5：公募要領で自社の要件を突き合わせる
   補助率や補助上限の適用区分（小規模事業者に該当するか、100億企業要件を満たすか、
   赤字または営業利益率の低下に該当するか）は、公募要領の定めで判断します。
   中小企業庁の公表資料は概要であり、細かい要件は公募要領に記載されています。

よくある質問

十六次公募について、相談の多い論点をまとめました。

Q. 事業承継・M&A補助金の十六次公募は、いつ申請できますか？

A. 中小企業庁の公表資料によると、公募申請受付期間は令和8年10月2日（金）から令和8年11月6日（金）17時までの予定です。公募要領は令和8年9月4日に公表されました。申請は電子申請（Jグランツ）のみでの受付となっており、紙や郵送での申請はできません。受付期間は約5週間で、締切の時刻は17時です。

Q. GビズIDを持っていない場合、十六次公募に間に合いますか？

A. 中小企業庁は、Jグランツの申請にあたって事前にGビズIDプライムアカウントの取得が必要であり、アカウントの取得には2〜3週間程度が必要となるため、公募締め切りに余裕をもって手続を実施してくださいとしています。11月6日の締切に間に合わせるには、9月中から10月上旬までに取得手続に着手しておくのが安全です。

Q. M&Aの仲介会社に払う費用は、どの業者でも補助対象になりますか？

A. なりません。中小企業庁は、専門家活用枠の補助対象経費のうちFA費用・仲介費用について、M&A支援機関登録制度に登録されたファイナンシャルアドバイザーまたはM&A仲介業者によるものに限ると明記しています。登録件数は令和8年8月20日時点で3,287件（法人2,531件、個人事業主756件）で、登録支援機関を検索できるデータベースが提供され、手数料体系も併せて公表されています。

Q. 廃業・再チャレンジ枠は、会社が申請するのですか？

A. 中小企業庁は、再チャレンジの主体は法人の場合は株主、個人事業主の場合は個人事業主本人となると明記しています。また廃業・再チャレンジ枠は事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠と併用申請でき、併用申請の場合の補助上限は150万円または300万円とされています。

Q. 事業承継促進枠は、いつ承継する予定なら対象になりますか？

A. 中小企業庁は事業承継促進枠の対象を「5年以内に親族内承継又は従業員承継を予定している者」と示しています。補助対象経費は設備投資費用や店舗・事務所の改築工事費用等で、補助率は原則1/2、中小企業者等のうち小規模事業者に該当する場合は2/3です。補助上限は800万円から1,000万円で、一定の賃上げを実施する場合に800万円から1,000万円へ引き上げられます。

Q. 補助上限が「600～800万円」と書かれているのは、どういう意味ですか？

A. 専門家活用枠の買い手支援類型と売り手支援類型の補助上限について、中小企業庁は「800万円を上限に、DD費用を申請する場合に200万円を加算」と注記しています。また買い手支援類型は、100億企業要件を満たす場合の補助上限を2,000万円としています。具体的にどの区分に当てはまるかは公募要領で確認してください。

Q. 十五次公募と十六次公募で、補助率や補助上限は変わりましたか？

A. 中小企業庁が公表している4つの枠の構成、補助率、補助上限の骨格は十五次公募と同じです。公表資料の記載で異なるのは、廃業・再チャレンジ枠の補助率が十五次では「2/3又は1/2」、十六次では「2/3」と書かれている点です。適用の詳細は公募要領で確認してください。

参考資料・出典

• 中小企業庁「中小企業生産性革命推進事業『事業承継・M&A補助金』(十六次公募)の公募要領を公表します」（2026年9月4日）
• 中小企業庁「同（十五次公募）の公募要領を公表します」（2026年5月22日）
• 中小企業庁「同（十四次公募）の公募要領を公表します」（2026年1月30日）
• 中小企業庁「中小企業・小規模企業者の定義」
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度に係る登録フィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者の公表（令和8年度公募(7月分)）について」
• 中小企業庁「事業承継」

本記事は令和8年9月5日時点の上記資料に基づいています。
申請にあたっては必ず最新の公募要領をご確認ください。