補助金の圧縮記帳2026｜税務処理と収益計上時期を税理士が解説

補助金の採択通知が届いたときは喜ばしいものですが、経理担当者にとっては悩みの始まりでもあります。1,000万円の設備を買うために500万円の補助金を受け取った場合、その500万円はそのままでは会社の利益となり、法人税等の課税対象になるからです。

この「補助金をもらったのに税金で目減りする」という事態を避けるための仕組みが、圧縮記帳です。ただし圧縮記帳は税金が消えてなくなる制度ではなく、あくまで課税の時期を先送りする制度です。また、いつの事業年度で処理するのか、設備投資減税と併用できるのかといった論点もあります。本記事では、補助金の圧縮記帳を国税庁の法令解釈通達に沿って整理します。

補助金の圧縮記帳とは・制度の概要

補助金は原則として益金になる

法人が受け取った補助金は、法人税法上、原則として益金の額に算入されます。設備の購入代金に充てるために交付されたものであっても、この扱いは変わりません。一方、購入した機械や建物は資産として計上され、その年度に費用になるのは減価償却費の部分だけです。

この結果、補助金を受け取った事業年度には「補助金の全額が収益」対「減価償却費の一部だけが費用」という状態が生まれ、実際には手元に設備が残っただけなのに、多額の課税所得が発生してしまいます。これでは設備投資を支援するという補助金の目的が損なわれかねません。

とくに中小企業では、補助金の入金が設備代金の支払いより後になることが少なくありません。支払いを借入れでつないでいる状態で、さらに補助金分の法人税等を納めることになれば、資金繰りは一気に苦しくなります。制度の趣旨と実態の両面から、この課税をならす仕組みが必要とされてきました。

そこで法人税法は、国または地方公共団体から交付を受けた補助金等（国庫補助金等）で固定資産の取得または改良をした場合に、その補助金相当額まで固定資産の帳簿価額を減額し、減額した金額を損金の額に算入することを認めています。これが圧縮記帳です。国税庁の法人税基本通達第10章第2節は、この規定を「法第42条第1項（同条第5項を含む。）、第43条第1項（同条第2項、第6項若しくは第8項を含む。）又は第44条第1項（同条第4項を含む。）《国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入等》」と示しています。

なお、直接に金銭の交付を受ける形でなくても圧縮記帳の対象になる場合があります。法人税基本通達10-2-3は、法人が工場誘致等のために都道府県または市町村から土地その他の固定資産をその時価に比して著しく低い価額で取得し、その価額（取得に要した費用があるときはその費用の額を加算した金額）を帳簿価額とした場合には、その資産については法人税法42条の規定により圧縮記帳をしたものとして取り扱う、としています。また同10-2-5は、山林の取得または改良に充てるため国または地方公共団体から交付を受けた補助金は、法人税法42条1項に規定する国庫補助金等に該当するものとするとしています。

圧縮記帳のイメージ

1,000万円の機械を購入し、500万円の補助金を受け取った場合の考え方は次のとおりです。

表のとおり、圧縮記帳をすると交付年度の税負担は抑えられますが、その分だけ翌年度以降の減価償却費が少なくなります。トータルで納める税金が減るわけではなく、課税のタイミングが後ろにずれるだけです。この点は制度を理解するうえで最も重要な前提です。

中小企業への実務影響と収益計上時期

「返還を要しないことが確定した」のはいつか

実務で最も判断に迷うのが、補助金をどの事業年度の収益として計上するのかという点です。圧縮記帳の適用は「返還を要しないことが確定している」ことが前提になるため、この時期の判定は避けて通れません。

この点について、法人税基本通達10-2-1は明確な手がかりを示しています。同通達は、法人が交付を受けた国庫補助金等について次のような一般的条件が付されていることは、返還を要しないことが確定しているかどうかの判定には関係がないものとする、としています。

• ☑ 交付の条件に違反した場合には返還しなければならないこと
• ☑ 一定期間内に相当の収益が生じた場合には返還しなければならないこと

そのうえで同通達は注書きで、「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第15条《補助金等の額の確定等》の規定により交付すべき補助金等の額が確定し、その旨の通知を受けた国庫補助金等は、返還を要しないことが確定した国庫補助金等に該当する」と定めています。

つまり、実務上の目安になるのは「交付決定通知」ではなく「額の確定通知」です。ものづくり補助金や省力化投資補助金のように、交付決定を受けて設備を導入し、実績報告を経て補助金額が確定するタイプの補助金では、実績報告後に届く確定通知の日が属する事業年度が基準になります。採択通知や交付決定通知の時点ではまだ確定していない点に注意してください。

また、収益納付（一定期間内に相当の収益が生じた場合の返還）の条件が付いていても、それだけでは確定していないとは判定されません。この点は上記通達が明示しています。

決算期をまたぐ場合は特別勘定を使う

補助金の実務では、返還不要が確定する時期と、設備を取得する時期が同じ事業年度に収まらないことがよくあります。この場合の取扱いを整理すると次のようになります。

特別勘定を設けた場合の圧縮限度額は、法人税法施行令82条《特別勘定を設けた場合の国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮限度額》の規定により計算します。この点について法人税基本通達10-2-1の2は、固定資産の取得または改良の後、国庫補助金等の返還を要しないことが確定した日までの間にその固定資産につき資本的支出を行っているときの取扱いを定めています。原則は当初の取得価額およびその取得価額に係る帳簿価額を基礎として計算しますが、法人が資本的支出後の取得価額および帳簿価額を基礎として計算している場合には、これを認めるとされています。

個人事業主と消費税の取扱い

個人事業主の場合は、法人税法ではなく所得税法の規定によります。国税庁のタックスアンサーNo.2202によれば、固定資産の取得や改良に充てるために国または地方公共団体の補助金や給付金など（国庫補助金等）の交付を受けた場合で、その交付の目的に適合した固定資産の取得や改良をしたときは、確定申告書に一定の事項を記載することを条件として、国庫補助金等のうちその固定資産の取得や改良に充てた部分の金額に相当する金額を総収入金額に算入しないこととされています。

この取扱いを受けた固定資産の取得費は、実際にその固定資産の取得のために要した金額や改良費の額から、総収入金額に算入されなかった国庫補助金等の額を控除した残額となり、減価償却費の計算もこの取得費を基礎として行います。手続としては「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」を添付した確定申告書を所轄税務署長に提出します。根拠法令は所得税法42条・43条、所得税法施行令89条から91条、所得税法施行規則20条・21条です。

消費税については、補助金は資産の譲渡等の対価ではないため課税対象外（不課税）です。補助金で購入した設備の課税仕入れ自体は、通常どおり仕入税額控除の対象になります。ただし補助金制度によっては、交付要綱で仕入控除税額の報告や返還を求めるものがありますので、各制度の要綱を必ず確認してください。日々の記帳・経理代行の段階から補助金の入出金を区分しておくと、この確認が容易になります。

当事務所の見解・実務上の注意点

設備投資減税との併用は「どの圧縮記帳か」で決まる

補助金で設備を導入する中小企業から最も多くいただく質問が、中小企業経営強化税制などの税額控除と圧縮記帳を併用できるかというものです。ここは条文の建て付けを押さえておく必要があります。

国税庁のタックスアンサーNo.5434（中小企業経営強化税制）の注意事項は、「この制度による特別償却または税額控除の適用を受ける資産は、租税特別措置法上の圧縮記帳、他の制度による特別償却または他の税額控除の規定の重複適用は認められません」としています。ここで併用が認められないとされているのは、あくまで「租税特別措置法上の圧縮記帳」です。国庫補助金等の圧縮記帳は法人税法42条という本法の規定であり、この文言の対象には含まれていません。

実際、中小企業庁が公表している「中小企業経営強化税制 Q&A集」の共-7は、設備取得の際に国または地方公共団体から補助金を受けた場合でも本税制の対象となるかという問いに対し、「はい、原則として対象になります。法人税法上の『圧縮記帳』の適用を受けた場合は、圧縮記帳後の金額が税務上の取得価額となります」と回答しています。同Q&Aは続けて、積立金方式を用いた場合も税務上の取得価額は補助金額等を差し引いた価額となること、補助金の交付年度が翌事業年度になる場合には予定交付額を差し引いた価額が税額控除対象金額となること、そして補助金側に併用を制限する場合があるため注意が必要であることを示しています。

取得価額が下がることの落とし穴

ここから導かれる実務上の注意点が、取得価額要件との関係です。設備投資減税には対象資産ごとに最低取得価額の要件が設けられていますが、圧縮記帳を適用すると税務上の取得価額は圧縮後の金額になります。補助率の高い補助金を使った場合、圧縮前は要件を満たしていた設備が、圧縮後には要件を下回ってしまうことが起こり得ます。

また、税額控除は取得価額に一定率を乗じて計算するため、圧縮後の金額が基礎になれば控除額そのものも小さくなります。圧縮記帳による当期の課税繰延べの効果と、税額控除の減少分を比べたうえで、どちらを優先するかを判断する必要があります。設備の種類や補助率、その期の課税所得の見込みによって結論は変わりますので、決算前にシミュレーションしておくことをおすすめします。堺市の税務顧問としてご支援する場面でも、補助金の確定通知が届いた段階でこの試算を行うようにしています。

圧縮記帳は「節税」ではなく「資金繰り」で考える

圧縮記帳の効果は課税の繰延べであり、耐用年数を通じて見れば納税額の合計は基本的に変わりません。それでも実務上の価値は大きいと考えています。補助金は設備代金の支払いより後に入金されることが多く、交付年度に多額の納税が発生すると資金繰りを圧迫するためです。圧縮記帳は、投資直後の最も資金が苦しい時期の納税を抑え、収益が上がってから負担する形に組み替える制度と捉えるのが実態に合っています。

今すぐやるべきこと

補助金の採択を受けている、あるいはこれから申請する予定がある場合は、次の順序で準備してください。決算を迎えてからでは選択肢が狭まります。

1. ステップ1：補助金の交付要綱で「額の確定」の時期を確認する
   交付決定通知と額の確定通知は別物です。実績報告の提出期限、額の確定通知が届く見込み時期を要綱で確認し、それが自社のどの事業年度に入るかを把握します。決算月の直前・直後にあたる場合は特に重要です。
2. ステップ2：設備の取得時期と確定時期の関係を整理する
   設備を事業の用に供する日と、返還不要が確定する日が同一事業年度に収まるかを確認します。ずれる場合は特別勘定による処理が必要になるため、あらかじめ顧問税理士に伝えておきます。
3. ステップ3：設備投資減税との有利判定をシミュレーションする
   圧縮記帳を適用した場合としない場合で、当期の税額と将来の減価償却費、税額控除額がどう変わるかを試算します。圧縮後の取得価額が対象資産の要件を下回らないかも、この段階で確認します。
4. ステップ4：経理処理の方式を決める
   固定資産の帳簿価額を直接減額する方式と、積立金方式のどちらを採用するかを決めます。金融機関に決算書を提出する予定がある場合、資産計上額の見え方が変わるため、事前に方針をそろえておくと説明がスムーズです。
5. ステップ5：申告書への添付書類を準備する
   圧縮記帳の適用を受けるには、帳簿価額の減額等の経理処理を行ったうえで、確定申告書に圧縮額の損金算入に関する明細書を添付する必要があります。個人事業主の場合は「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」を添付します。決算作業の直前に慌てないよう、必要書類を早めに確認しておきます。
6. ステップ6：交付要綱の併用制限と消費税の報告義務を確認する
   中小企業庁のQ&A集も指摘しているとおり、補助金側で他の支援制度との併用を制限している場合があります。あわせて、仕入控除税額の報告や返還を求める規定がないかも要綱で確認し、該当する場合は報告期限を社内のスケジュールに入れておきます。

よくある質問

Q. 補助金を受け取った年度に必ず圧縮記帳をしなければいけませんか？

A. 圧縮記帳は任意の制度であり、適用しないという選択もできます。たとえば繰越欠損金が十分にある事業年度であれば、圧縮記帳をせずに補助金をそのまま益金に計上し、欠損金と相殺したうえで、翌年度以降は圧縮していない取得価額を基礎に減価償却費を多く計上するほうが有利になる場合があります。自社の課税所得の見込みを踏まえて判断してください。

Q. 交付決定通知を受けた時点で収益に計上すべきですか？

A. 圧縮記帳の適用にあたっては、返還を要しないことが確定しているかどうかが問題になります。法人税基本通達10-2-1の注書きは、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律15条の規定により交付すべき補助金等の額が確定し、その旨の通知を受けた国庫補助金等は、返還を要しないことが確定した国庫補助金等に該当するとしています。実務では、交付決定通知ではなく額の確定通知が判断の目安になります。

Q. 返還条件が付いている補助金でも圧縮記帳できますか？

A. 法人税基本通達10-2-1は、交付の条件に違反した場合には返還しなければならないこと、一定期間内に相当の収益が生じた場合には返還しなければならないこと、という一般的条件が付されていることは、返還を要しないことが確定しているかどうかの判定には関係がないものとするとしています。したがって、これらの一般的な条件が付いていることだけを理由に圧縮記帳ができなくなるわけではありません。

Q. 圧縮記帳をすると中小企業経営強化税制は使えなくなりますか？

A. 中小企業庁の「中小企業経営強化税制 Q&A集」共-7は、設備取得の際に補助金を受けた場合でも原則として本税制の対象になるとしたうえで、法人税法上の圧縮記帳の適用を受けた場合は圧縮記帳後の金額が税務上の取得価額となると回答しています。使えなくなるわけではありませんが、取得価額が下がることで対象資産の要件を満たさなくなったり、税額控除額が小さくなったりする可能性があります。事前の試算が欠かせません。

Q. 自治体の給付金も圧縮記帳の対象になりますか？

A. 都道府県または市町村から交付を受けたものも国庫補助金等に含まれ得ますが、例外があります。法人税基本通達10-2-4は、工場誘致条例またはこれに準ずる条例に基づく補助金、奨励金等で、実質的に税の減免に代えて交付されたものであることが明らかであると認められるときは、法人税法42条1項の国庫補助金等に該当しないとしています。制度の趣旨を要綱等で確認したうえで判断してください。

Q. 個人事業主でも同じ処理ができますか？

A. 個人事業主には所得税法の規定が適用されます。国税庁のタックスアンサーNo.2202によれば、固定資産の取得や改良に充てるための国庫補助金等の交付を受け、その目的に適合した固定資産の取得や改良をしたときは、確定申告書に一定の事項を記載することを条件として、その取得等に充てた部分の金額に相当する金額を総収入金額に算入しないこととされています。「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」の添付が必要です。

参考資料・出典

• 国税庁 法人税基本通達 第10章第2節「国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳」（10-2-1、10-2-1の2、10-2-3、10-2-4、10-2-5）
• 国税庁 タックスアンサーNo.2202「国庫補助金等を受け取ったとき」（個人事業主の総収入金額不算入）
• 国税庁 タックスアンサーNo.5434「中小企業経営強化税制」（重複適用の注意事項）
• 中小企業庁「中小企業経営強化税制」（Q&A集 共-7 を掲載）