国税システム更改2026｜9月24日のe-Tax停止と様式変更の実務対応

国税庁は令和8年9月24日（木）に国税システムの更改を予定しています。これは単なるシステムの裏側の入れ替えではありません。申告書や納付書の様式が変わり、e-Taxが数日間止まり、さらにe-TaxのIPアドレスの扱いまで変更されます。9月に申告期限や納付期限を控えている事業者にとっては、スケジュールを組み直す必要が出てくる話です。とくにIPアドレスの変更は、社内のネットワーク設定を触らないと9月24日以降にe-Taxへ接続できなくなる可能性があり、経理部門だけで完結しません。本記事では国税庁の公表内容に基づき、中小企業が8月中に着手すべき準備を整理します。

国税システム更改の概要

更改の実施日とe-Taxの停止期間

国税庁は令和8年4月22日、e-Taxホームページで「国税システムの更改に伴うメンテナンス時間について」を公表しました。システム更改の実施日は令和8年9月24日（木）です。これに伴うe-Taxのメンテナンス期間は次の2区間です。

公表されている4つの変更点

国税庁は「令和8年9月の国税システム更改について」として、次の4点を案内しています。

• ☑ 申告書等の様式が変わります
• ☑ 納付書等の様式が変わります
• ☑ e-Taxをご利用いただけない時間があります
• ☑ e-TaxのIPアドレスが変わります

申告書・納付書の様式変更の中身

申告書等については、「一部の書面申告書や申請・届出書、法定調書の様式が新しくなる予定」とされ、具体的な変更として申告書の控用はなくなり、申告書の配色は原則、白黒になると案内されています。書面で提出している事業者にとっては、手元に残す控えの作り方を見直す必要が生じます。

納付書等については、「納付書」と「所得税徴収高計算書」の様式が新しくなります。主な変更点は、「整理番号」欄（8桁）が「お問い合わせ番号」欄（13桁）に変わることです。毎月の源泉所得税の納付で所得税徴収高計算書を手書きしている事業者は、記入する番号そのものが変わることになります。

法定調書の書面様式は令和8年8月から先行して変更

見落とされやすいのが、法定調書の様式変更が9月を待たずに始まっている点です。国税庁の各法定調書の案内ページには「令和8年8月に税務署提出用の法定調書の書面様式が変わります。令和8年8月以降に書面で税務署に提出する際は、変更後の様式をご使用ください」と記載されています。書面で法定調書を提出する場合は、今月からすでに新様式の対象です。

変更前と変更後の比較

9月24日を境に何がどう変わるのかを一覧に整理しました。

中小企業の経理への実務影響

9月の申告・納付スケジュールを前倒しする

最も直接的な影響は、9月19日から24日午前までe-Taxが使えないことです。9月30日（水）を申告期限とする7月決算法人は、期限そのものには間に合う日程ですが、実質的な作業可能日が5日半失われることになります。決算作業が期限ぎりぎりになりがちな会社ほど影響は大きく、9月18日（金）までに申告データを送信し終える段取りに切り替えるのが安全です。

ダイレクト納付を利用している場合も同様です。e-Taxが停止している間は納付手続を行えません。9月中に納付期限が到来するものについては、停止期間を避けた日程を組んでください。特に納期の特例を使わず毎月源泉所得税を納付している事業者は、納付手段ごとの代替手段を確認しておく必要があります。

9月に期限が到来する主な手続を押さえる

法人税の確定申告書の提出期限は、事業年度終了の日の翌日から2か月以内とされています（法人税法第74条第1項）。この原則に当てはめると、9月に期限が到来する主な手続は次のとおりです。自社に該当するものがないかを確認してください。

• ☑ 7月決算法人の法人税・地方法人税・消費税の確定申告および納付（期限は9月30日）
• ☑ 毎月納付を行っている事業者の8月分の源泉所得税の納付（期限は9月10日。停止期間より前）
• ☑ 消費税の中間申告のうち、9月中に期限が到来するもの
• ☑ 各種の届出書・申請書のうち、9月中に提出期限があるもの

このうち9月30日期限のものは、停止期間の直後に期限を迎える形になります。停止が明けてから提出すればよいと考えるのは危険です。24日8:30の再開直後はアクセスが集中する可能性があり、また更改直後のシステムで想定外の事象が起きる可能性もゼロではありません。18日までに送信を終えておけば、こうしたリスクをまとめて回避できます。

IPアドレスの変更は経理部門だけでは対応できない

実務上、最も見落とされやすく、かつ影響が深刻になり得るのがこの点です。国税庁は「e-TaxのIPアドレスについては、固定IPアドレスから動的IPアドレス（接続のたびにIPアドレスが変化）に変更する予定です」とし、利用者に対して「令和8年9月24日以降は、URLでの接続に変更してください」と案内しています。

セキュリティ上の理由から、社内のファイアウォールやプロキシで通信先をIPアドレスで限定している会社は珍しくありません。その設定のままでは、9月24日以降にe-Taxへ接続できなくなるおそれがあります。しかもこの設定変更は経理担当者では実施できず、情報システム部門や外部のネットワーク保守ベンダーへの依頼が必要です。依頼から実施までのリードタイムを考えると、8月中に着手するのが現実的です。クラウド会計やネットワーク環境の整備についてはクラウド会計・DX支援サービスでもご相談を承っています。

書面提出をしている場合の控えの扱い

申告書の控用がなくなることは、書面提出を続けている事業者にとって実務上の変更点になります。金融機関の融資審査や補助金の申請では、申告書の控えの提出を求められる場面が少なくありません。控用が用意されなくなる以上、提出前に自分でコピーを取り、提出した内容を証跡として残す運用に切り替える必要があります。

この機会に電子申告へ移行することも選択肢です。e-Taxで送信すれば、送信データと受信通知が電子的に残るため、控えの管理そのものが不要になります。日々の記帳から申告までの流れを整理したい場合は記帳代行・経理代行サービスもご検討ください。

会計ソフト・給与ソフトのアップデート

納付書と所得税徴収高計算書の様式が変わるため、これらを出力している会計ソフトや給与ソフトは対応版へのアップデートが必要になります。クラウド型であれば提供事業者側で自動的に更新されますが、インストール型を使っている場合は自社でアップデートを適用しなければなりません。9月の給与計算に間に合うよう、利用しているソフトの対応スケジュールを確認しておいてください。

当事務所の見解・実務上の注意点

これは「システムの話」ではなく「段取りの話」

国税システムの更改と聞くと、税理士やソフト会社が対応する裏方の話に見えます。しかし実際に影響を受けるのは、9月に申告・納付を行う事業者の段取りそのものです。当事務所では、8月決算・7月決算のお客様について、9月の作業日程を通常より1週間前倒しした工程表に組み替えています。期限は動かないのに作業可能日だけが減るという状況では、前倒し以外に打つ手がありません。

IPアドレス制限は「効いているかどうか」を先に確認する

ファイアウォールでIPアドレス制限をかけているかどうかは、経理担当者には分からないのが普通です。かといって「たぶん大丈夫」で9月24日を迎えると、申告直前につながらないという最悪の事態になりかねません。当事務所からは、情報システム担当者または保守ベンダーに対して「e-Taxへの通信をIPアドレスで許可している箇所があるか。あるならURLベースの許可に変更できるか」という具体的な確認をお願いしています。質問の粒度を具体的にしないと、確認そのものが空振りになります。

納付書の番号変更は「桁数が違う」ことに意味がある

整理番号8桁がお問い合わせ番号13桁に変わるという変更は、単なる名称変更ではありません。桁数が異なるため、社内マニュアルや記入例、給与計算システムの入力チェックが旧仕様のままだと入力エラーや記載誤りにつながります。手書きで納付書を作成している事業者は、9月以降に届く新様式の納付書を実際に見て、記入手順を更新してください。過去の納付書をコピーして使い回す運用をしている場合は、この機会に必ず見直しが必要です。

停止期間を電子化の棚卸しの機会にする

5日半のシステム停止は不便ですが、見方を変えれば「電子申告に依存している業務が社内にどれだけあるか」を可視化する機会でもあります。実際に洗い出してみると、申告・納付だけでなく、納税証明書の取得や各種届出、メッセージボックスの確認など、思っていた以上に多くの業務がe-Taxに紐づいていることに気づく会社が少なくありません。

当事務所では、この停止期間を前に、お客様ごとに「e-Taxに依存している業務の一覧」と「停止中に代替手段があるかどうか」を整理することをおすすめしています。たとえば納税証明書は、金融機関への提出期限が9月下旬にあるなら停止期間前に取得しておく必要があります。止まってから困る業務を、止まる前に洗い出す。それだけで9月の混乱はかなり減らせます。

今すぐやるべきこと

9月24日の更改に向けて、8月中に着手すべき準備を優先度順に整理しました。

1. ステップ1：9月の申告・納付期限を洗い出す
   法人税・消費税の申告期限、源泉所得税の納付期限、中間申告の期限を一覧にします。そのうえで、e-Tax停止期間（9月19日0:00～24日8:30、26日終日）と重なるものがないかを確認します。重なる場合は9月18日（金）までに完了させる日程に組み替えてください。
2. ステップ2：情報システム部門にIPアドレス制限の有無を確認する
   「e-Taxへの通信をIPアドレスで許可している設定があるか」を具体的に照会します。ある場合は、9月24日までにURLベースの許可設定へ変更するよう依頼してください。外部ベンダーに保守を委託している場合は、作業依頼と実施日の確保に時間がかかるため最優先で動きます。
3. ステップ3：会計ソフト・給与ソフトの対応状況を確認する
   納付書と所得税徴収高計算書の新様式に、利用中のソフトがいつ対応するかを提供元に確認します。インストール型の場合はアップデートの適用日を決め、担当者を割り当ててください。
4. ステップ4：書面提出をしている場合の控えの運用を決める
   申告書の控用がなくなることを前提に、提出前にコピーを取る、スキャンして保存するなどの手順を決めます。融資や補助金申請で控えが必要になる場面を想定し、保存場所と保存期間も併せて定めてください。
5. ステップ5：法定調書を書面提出している場合は新様式に差し替える
   法定調書の書面様式は令和8年8月から変更されています。手元にストックしている旧様式の用紙は使わず、国税庁ホームページから最新の様式を取得して使用してください。

よくある質問

Q. e-Taxはいつからいつまで使えなくなりますか？

A. 国税庁の公表によれば、令和8年9月19日（土）0:00から9月24日（木）8:30までと、令和8年9月26日（土）0:00から24:00までの2区間です。1区間目は5日半にわたる長期の停止となります。システム更改の実施日は9月24日（木）です。なお、この情報は令和8年4月22日にe-Taxホームページで公表されたもので、直前に変更される可能性もあるため、9月に入ったら最新のメンテナンス情報を再確認することをおすすめします。

Q. 9月30日が申告期限ですが間に合いますか？

A. 期限日そのものはe-Taxの停止期間から外れているため、9月24日8:30以降であれば送信できます。ただし作業可能な日が5日半減ることになるため、決算作業が期限間際になる会社では余裕がなくなります。9月18日（金）までに申告データの送信を終える日程に前倒しするのが安全です。万一の再送信やエラー対応の時間も見込んでおいてください。

Q. IPアドレスが変わると具体的に何が起きるのですか？

A. e-TaxのIPアドレスが固定から動的（接続のたびに変化）に変わるため、社内のファイアウォールやプロキシでIPアドレスを指定して通信を許可している場合、9月24日以降に接続できなくなるおそれがあります。国税庁は「令和8年9月24日以降は、URLでの接続に変更してください」と案内しています。設定変更は情報システム部門または外部の保守ベンダーの作業となるため、経理部門だけでは完結しません。早めに照会してください。

Q. 申告書の控えがなくなると、融資申請のときに困りませんか？

A. 控用の用紙が付かなくなるだけで、提出内容を証明する手段がなくなるわけではありません。書面提出の場合は提出前にコピーを取り、社内で保存する運用に切り替えてください。電子申告であれば送信データと受信通知が電子的に残るため、控えの管理そのものが不要になります。融資審査や補助金申請で申告書の写しを求められる場面は多いため、この機会に保存手順を明文化しておくことをおすすめします。

Q. 納付書の番号が変わると、これまでの納付書は使えなくなりますか？

A. 納付書と所得税徴収高計算書の様式が新しくなり、「整理番号」欄（8桁）が「お問い合わせ番号」欄（13桁）に変わります。桁数そのものが異なるため、旧様式をコピーして使い回している場合は運用の見直しが必要です。新しい様式が届いたら実物を確認し、記入手順や社内マニュアル、給与計算システムの入力設定を更新してください。手書きで作成している事業者ほど影響を受けます。

Q. 法定調書の様式変更はいつからですか？

A. 9月ではなく令和8年8月からです。国税庁の法定調書の案内ページには「令和8年8月に税務署提出用の法定調書の書面様式が変わります。令和8年8月以降に書面で税務署に提出する際は、変更後の様式をご使用ください」と記載されています。書面で法定調書を提出している場合は、すでに新様式の対象になっています。手元に旧様式の用紙をストックしている場合は使用せず、国税庁ホームページから最新の様式を取得してください。

参考資料・出典

• 国税庁「令和8年9月の国税システム更改について」
• 国税庁 e-Tax「国税システムの更改に伴うメンテナンス時間について」（令和8年4月22日公表）
• 国税庁「法定調書関係（令和8年8月の書面様式変更の案内を含む）」
• 国税庁 e-Tax「e-Taxの利用可能時間」
• 国税庁「新着情報」