青色申告の承認の取消し2026｜2期連続の期限後申告と5つの影響

資金繰りが苦しい時期や、経理担当者が辞めてしまった年に、決算と申告が後ろ倒しになることがあります。それが2期続いたとき、静かに効いてくるのが青色申告の承認の取消しです。国税庁は「法人の青色申告の承認の取消しについて」という事務運営指針で取扱基準を公表しており、この指針は令和8年6月30日にも一部改正されました。青色申告は、繰越欠損金や少額減価償却資産の特例といった中小企業の資金繰りを支える制度の入口になっています。本記事では、どの事実が取消しにつながり、効力がいつの事業年度から及び、何を失うのかを、国税庁の指針とタックスアンサーの記載に沿って整理します。

青色申告の承認の取消しとは｜4つの取消事由と令和8年6月30日の改正

法人の青色申告の承認の取消しは、法人税法第127条第1項（法人税法第146条第1項において準用する場合を含みます）に基づく処分です。国税庁の事務運営指針は、その趣旨を、法人税法第127条第1項各号に掲げる事実及びその程度、記帳状況、改善可能性等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくない場合について行うこととし、この場合の取扱基準の整備等を図ったものである、と述べています。機械的に処分されるのではなく、事実と程度を勘案して判断される建て付けです。

令和8年6月30日の改正で何が変わったか

この指針は平成12年7月3日付で定められ、令和3年11月30日、令和4年6月24日、令和8年6月30日に改正されています。直近の令和8年6月30日改正について国税庁は、その趣旨を「法人税法施行規則第59条の2《関連者間取引に係る書類の整理保存の特例》の規定が創設されたことに伴い、所要の整備を図るものである」としています。本文にも、同条第1項に規定する関連者間取引に係る書類の取得等及び保存等の義務の履行状況を理由として取消しの要否を判断する場合には、同条の規定の趣旨と、同日付「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて」（事務運営指針）の内容を踏まえて取り扱うことに留意する、という一文が加えられました。中小企業の大半に直接関係する改正ではありませんが、指針そのものが現在も動いている文書だという点は押さえておく価値があります。

取消事由は大きく4つ

指針は、取消しの場面を号ごとに整理しています。中小企業に関係が深い4つを挙げます。

中小企業への実務影響｜効力が及ぶ事業年度と失う5つの特典

取消しの実害は、処分そのものよりも、そのあとに残る税額の差として表れます。青色申告を前提にした制度がまとめて使えなくなるためです。国税庁のタックスアンサーで確認できる範囲で、中小企業への影響が大きいものを整理します。

影響1：欠損金の繰越控除が使えなくなる

タックスアンサー No.5762 は、欠損金の繰越控除をする法人は、欠損金額が生じた事業年度において青色申告書である確定申告書を提出し、かつ、その後の各事業年度について連続して確定申告書を提出している法人である、としています。控除できる期間は各事業年度開始の日前10年以内に開始した事業年度に生じた欠損金額です。ここで正確に押さえておきたいのは、赤字が出た事業年度に青色申告書を提出していれば、その後の事業年度の申告書が白色であっても、その欠損金額は繰越控除の対象になるという点です。過去の赤字がすべて消えるわけではありません。失われるのは、取消しの効力が及んだ事業年度以後に生じた赤字です。なお中小法人等（資本金の額又は出資金の額が1億円以下であるものなど一定のもの）は、繰越控除前の所得金額の50パーセントという損金算入限度額の対象外とされています。

影響2：欠損金の繰戻しによる還付が請求できない

赤字が出た年に前期に納めた法人税の還付を受けられるのが、欠損金の繰戻しによる還付です。タックスアンサー No.5763 が挙げる適用要件は、（1）還付所得事業年度から欠損事業年度の前事業年度までの各事業年度について連続して青色申告書である確定申告書を提出していること、（2）欠損事業年度の青色申告書である確定申告書をその提出期限までに提出していること、（3）その確定申告書と同時に欠損金の繰戻しによる還付請求書を提出すること、の3つです。青色であることと期限内提出の両方が要件になっているため、期限後申告が続いている会社は、取消し以前にこの制度を使えていない状態になります。

影響3：少額減価償却資産の30万円未満特例が使えない

タックスアンサー No.5408 は、この特例の対象となる法人を、中小企業者又は農業協同組合等で青色申告書を提出するもののうち、常時使用する従業員の数が500人以下（特定法人については300人以下）の法人としています。取得価額30万円未満の減価償却資産を平成18年4月1日から令和8年3月31日までの間に取得などして事業の用に供した場合に、一定の要件のもとで取得価額に相当する金額を損金算入できる制度で、適用を受ける事業年度における取得価額の合計額は300万円が限度です。設備やパソコンをまとめて入れ替える年に使えないと、資金繰りへの影響は小さくありません。

影響4：帳簿書類の保存期間が変わる場面がある

タックスアンサー No.5930 は、法人は帳簿と、取引等に関して作成又は受領した書類を、その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存しなければならないとしたうえで、青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた事業年度などは10年間になる、としています。青色か白色かで保存期間の考え方が変わるため、取消しの前後で社内ルールを整理し直す必要があります。

影響5：所得金額の計算が推計に委ねられうる

事務運営指針は、隠蔽又は仮装の場合等における取消しの一場面として、帳簿書類への記載等が不十分である等のため、法人税法第131条（法人税法第147条において準用する場合を含む）の規定による推計によらなければ適正な所得金額の計算ができないと認められる状況にある場合を挙げています。帳簿が整っていないこと自体が、取消事由であると同時に、自社の数字で課税所得を主張しにくくなる状態を招くという構図です。日々の記帳を止めないことが、そのまま防衛になります。社内で回らない期間があるなら、記帳・経理代行のような外部の手を早めに入れるほうが、結果として安く済みます。

当事務所の見解・実務上の注意点｜見合わせ規定と遡及の怖さ

指針を通読すると、単純な「2期連続で取消し」という理解では足りない箇所がいくつもあります。当事務所が顧問先に説明するとき、特に強調している点を挙げます。

取消しは通知の日からではなく、さかのぼって効く

前掲の表のとおり、承認を取り消す事業年度は事由ごとに定められており、いずれも過去の事業年度が起点です。2事業年度連続して期限内申告がない場合は2事業年度目の事業年度以後、帳簿書類の提示がない場合は提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後です。さらに指針は、青色申告の承認の取消しをした後において、その取消しをした事業年度前の事業年度についても隠蔽・仮装等に該当することが明らかになったときには、その明らかになった事業年度に遡って当該事業年度以後の承認を取り消す、としています。「今期から白色になるだけ」という想定は成り立ちません。

隠蔽・仮装でも取消しを見合わせる規定がある

指針は、隠蔽・仮装の形式基準に該当する場合であっても、その事業年度開始の日前7年以内に開始した各事業年度につき、（イ）青色申告の承認取消処分を受けていないこと、（ロ）既往の調査に係る不正所得金額又は不正欠損金額が500万円に満たないこと、のいずれの要件も満たし、かつ今後適正な申告をする旨の当該法人からの申出等があるときは、青色申告の承認の取消しを見合わせる、としています。一度でも過去に取消処分を受けていると、この見合わせは使えません。過去の処分歴が将来の判断に効いてくるという意味で、初回の対応の重みが大きい制度です。

「相当の事情」がある場合は個別に判断される

指針は、取消しは真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められる場合に行うものであるから、一定の事情があるものについては所轄国税局長と協議の上その事案に応じた処理を行う、としています。救済の方向としては、役員その他相当の権限を有する地位に就いている者が知り得なかったこともやむを得ないと認められるなど特別な事情があり、かつ再発防止のための監査体制を強化する等今後の適正な記帳及び申告が期待できる場合が挙げられています。逆に厳しくなる方向としては、二重帳簿を作成する等の方法により計画的に取引の一部を正規の帳簿に記載していない場合や、形式基準を回避するために当該基準を僅かに下回る過少申告を毎事業年度継続して行っている場合が挙げられています。形式基準ぎりぎりを狙う行為は、むしろ取消しを呼び込む要素として名指しされている点に注意してください。

個人事業主の指針には「無申告」の項目がない

個人にも「個人の青色申告の承認の取消しについて」という事務運営指針があり、所得税法第150条第1項の適用に関する取扱基準を定めています。帳簿書類を提示しない場合、税務署長の指示に従わない場合、隠ぺい又は仮装の場合という構成は法人と同じですが、法人の指針にある「無申告又は期限後申告の場合における青色申告の承認の取消し」に相当する項目は置かれていません。法人成りを検討している個人事業主の方は、法人になると期限内申告の重みが一段上がると理解しておくとよいでしょう。決算月の設定や申告期限の延長の可否を含めた設計は、堺市の税務顧問としてご相談を受けている論点です。

今すぐやるべきこと｜取消しを避ける5つの手順

取消しは、起きてから取り返すコストが極端に高い処分です。順番に確認してください。

1. ステップ1：直前2期の申告が期限内に出ているかを確認する
   第4号の判定は2事業年度連続で期限内提出がないことです。前期が期限後になっている会社は、今期を必ず期限内に出せば第4号による取消しは避けられます。まずこの1点を確認します。
2. ステップ2：期限内に出せない見込みなら、決算が固まらなくても提出を優先する
   期限内申告と、内容の完璧さは別の問題です。期限内に提出したうえで、後日に修正申告や更正の請求で是正する方が、承認の維持という観点では安全です。判断に迷う場合は必ず事前に税理士へ相談してください。
3. ステップ3：帳簿書類をいつでも提示できる状態にしておく
   総勘定元帳、仕訳帳、現金出納帳、売掛金元帳、買掛金元帳、固定資産台帳などの帳簿と、契約書・領収書などの書類を、原則7年（青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた事業年度などは10年）保存します。所在が分からない状態は、提示できない状態と同じです。
4. ステップ4：電子帳簿保存法への対応状況を棚卸しする
   指針は、電子帳簿保存法の要件に従っていない場合の取消しは、備付け又は保存の程度や今後の改善可能性等を総合勘案して判断するとしています。完璧でなくとも、改善の跡が残る運用にしておくことが重要です。
5. ステップ5：取り消されたら、復帰の時期を逆算して申請書を準備する
   青色申告の承認申請書は、青色申告書によって申告書を提出しようとする事業年度開始の日の前日までに、納税地の所轄税務署長へ提出します。事業年度をまたぐ前に準備を始めてください。

• ☑ 直前2期の申告書がいずれも期限内に提出されている
• ☑ 帳簿と書類の保存場所・保存期間が社内で共有されている
• ☑ 電子取引データの保存方法が決まっている
• ☑ 繰越欠損金の残高と発生事業年度を把握している
• ☑ 青色申告をやめる場合は取りやめの届出（事業年度終了の日の翌日から2月以内）を確認する

よくある質問

Q. 1期だけ期限後申告になっても、青色申告は取り消されますか？

A. 国税庁の事務運営指針は、法人税法第127条第1項第4号による取消しは、2事業年度連続してその提出期限内に申告書の提出がない場合に行うものとする、としています。したがって1期だけであれば、この号による取消しは行われません。ただし帳簿書類を提示しない場合や隠蔽・仮装があった場合は別の号に基づく取消事由になり、期数とは関係なく判断されます。また期限後申告が続くと、欠損金の繰戻しによる還付のように期限内提出を要件とする制度が使えなくなります。

Q. 取り消されると、いつの事業年度から白色申告になりますか？

A. 取消事由ごとに違います。2事業年度連続の期限内申告がない場合は2事業年度目の事業年度以後、帳簿書類の提示がない場合はその提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後、税務署長の指示に従わない場合は当該指示に係る事業年度以後、隠蔽・仮装の場合はその該当することとなった事業年度以後です。通知を受けた日からではなく、さかのぼって効力が及ぶ点に注意してください。

Q. 青色申告を取り消されると、過去の赤字はどうなりますか？

A. 国税庁タックスアンサー No.5762 は、欠損金の繰越控除をする法人は、欠損金額が生じた事業年度において青色申告書である確定申告書を提出し、かつその後の各事業年度について連続して確定申告書を提出している法人である、としています。欠損金額が生じた事業年度に青色申告書を提出していれば、その後の申告書が白色であってもその欠損金額は繰越控除の対象です。一方、取消しの効力が及んだ事業年度に生じた赤字は繰り越せません。

Q. 取り消されたあと、また青色申告に戻れますか？

A. 改めて青色申告の承認申請書を提出する必要があります。国税庁の手続案内は、青色申告書によって申告書を提出しようとする事業年度開始の日の前日までに納税地の所轄税務署長へ提出する、としています。なお申請書を提出した場合において、その事業年度終了の日（中間申告書を提出すべき法人はその事業年度開始の日以後6月経過する日）までに承認又は却下の処分がなかったときは、その日に承認があったものとみなされます。

Q. 電子帳簿保存法の要件を満たしていないと取り消されますか？

A. 事務運営指針は、電子帳簿保存法の要件に従っていない場合の取消しについて、電磁的記録等の備付け又は保存の程度（電磁的記録に代わる書面等による備付け又は保存の有無とその程度を含む）、今後の改善可能性等を総合勘案のうえ、真に青色申告書を提出するにふさわしいと認められるかどうかを検討して法人税法第127条第1項の規定の適用を判断する、としています。要件を一つ落としたら直ちに取消し、という運用ではありません。とはいえ電子取引データの保存方法が決まっていない状態は改善の跡が残らないため、社内ルールの明文化は先に済ませてください。

参考資料・出典

• 国税庁「法人の青色申告の承認の取消しについて」（事務運営指針・令和8年6月30日改正）
• 国税庁「『法人の青色申告の承認の取消しについて』の一部改正について」（事務運営指針・令和8年6月30日）
• 国税庁「個人の青色申告の承認の取消しについて」（事務運営指針）
• 国税庁「C1-19 青色申告書の承認の申請」
• 国税庁「C1-20 青色申告の取りやめの届出」
• 国税庁タックスアンサー No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除
• 国税庁タックスアンサー No.5763 欠損金の繰戻しによる還付
• 国税庁タックスアンサー No.5408 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例
• 国税庁タックスアンサー No.5930 帳簿書類等の保存期間

本記事は令和8年9月8日時点の上記資料に基づいています。個別の判断は所轄税務署又は関与税理士にご確認ください。