源泉徴収票のみなし提出2026｜令和9年1月から税務署提出が不要

年末調整の準備が始まるこの時期、給与計算の担当者が毎年1月に追われるのが、税務署への源泉徴収票と市区町村への給与支払報告書という「ほとんど同じ内容の書類を二か所に出す」作業です。この二重の手間が令和9年1月から解消されます。国税庁は「源泉徴収票のみなし提出の特例　特設ページ」で、市区町村に給与支払報告書を提出すれば税務署に源泉徴収票を提出したものとみなす、という取扱いを案内しています。対象は令和9年1月1日以後に提出すべき源泉徴収票、つまりいま進めている令和8年分の年末調整からです。本記事では、何が不要になり何が残るのか、提出範囲がどう変わるのか、そして見落としやすい電子的提出義務の判定までを整理します。

源泉徴収票のみなし提出の特例とは｜令和9年1月からの改正の概要

源泉徴収票のみなし提出の特例は、令和5年度税制改正で創設された制度です。国税庁のＱ＆Ａ（令和8年4月・課税総括課）は、令和9年1月1日以後に提出すべき給与所得の源泉徴収票又は公的年金等の源泉徴収票から、源泉徴収票に記載すべき一定の事項が記載された給与支払報告書又は公的年金等支払報告書を市区町村に提出した場合には、税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなすこととされた、と説明しています。

「一定の事項」とは何か

みなし提出の要件である「一定の事項」について、Ｑ＆Ａは、税務署に提出する源泉徴収票に記載すべき事項（新所得税法施行規則第95条の3に定める事項）をいうと定義しています。そのうえで、源泉徴収票に記載すべき事項は支払報告書に記載すべき事項の中にすべて含まれているため、これまでどおり法令に基づいて支払報告書を作成すれば、そのまま「一定の事項」が記載された支払報告書になる、としています。特別な様式や追加の記載は求められません。

提出方法は3つ、どれでもみなし提出になる

特設ページは、給与支払報告書の市区町村への提出方法として、eLTAX、光ディスク等、書面の3つを挙げています。Ｑ＆Ａは、いずれの提出方法であっても税務署に源泉徴収票を提出したものとみなされる、と明言しています。ただし国税庁は、eLTAXで提出した給与支払報告書は令和9年1月1日以後（令和8年分以後）マイナポータル連携の対象となり、従業員が確定申告をする際に給与情報が自動入力されるとしており、書面や光ディスク等で提出したものは連携の対象にならないと注意を促しています。

受給者への交付は今までどおり必要

制度の名称から「源泉徴収票そのものが要らなくなる」と受け取られがちですが、そうではありません。特設ページは、受給者へ交付する源泉徴収票は引き続きすべての受給者に対して作成・交付を行う必要があると明記しています。タックスアンサー No.7411 も、みなし提出の特例により市区町村に給与支払報告書を提出した場合であっても、すべての受給者に対し翌年1月31日まで（年の中途で退職した方は退職の日以後1か月以内）に交付しなければならないとしています。不要になるのは、あくまで税務署提出用の分だけです。

中小企業への実務影響｜提出範囲の変更と30枚基準の判定

実務への影響は「税務署に出す枚数が減る」だけにとどまりません。Ｑ＆Ａ問7は、みなし提出の特例の創設と併せて、源泉徴収票の提出範囲を支払報告書の提出範囲に揃える（年の中途で死亡した者の公的年金等の源泉徴収票を除く）改正がなされたと説明しています。この提出範囲の変更は、給与計算ソフトの設定にも直接影響します。

給与所得の源泉徴収票の提出範囲はこう変わる

金額基準が並んでいた改正前と比べ、改正後は給与支払報告書と同じ一本の基準になります。なお給与支払報告書の提出範囲そのものは、Ｑ＆Ａ問7の表で改正前・改正後とも「同左」とされており、変わりません。公的年金等の源泉徴収票については、改正前の支払金額60万円超・30万円超という区分から、改正後はすべての公的年金等が提出範囲となります。

法定調書合計表は「出さなくてよい場合」と「必要な場合」がある

Ｑ＆Ａ問8は、合計表は法定調書を税務署に提出する場合に併せて提出するものであるため、源泉徴収票の提出が不要になれば合計表の提出も不要になる、としています。ただし、給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表は6種類の法定調書の兼用様式です。国税庁が挙げる6種類は、給与所得の源泉徴収票、退職所得の源泉徴収票、報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書、不動産の使用料等の支払調書、不動産等の譲受けの対価の支払調書、不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払調書です。このうち給与所得の源泉徴収票以外の5つのいずれかを税務署に提出するときは、引き続き合計表の提出が必要になります。その場合、合計表には実際に提出する法定調書について記載し、提出しない給与所得の源泉徴収票に係る記載は不要です。

電子的提出義務は100枚以上から30枚以上へ

もう一つ、同じタイミングで基準が動くのが電子的提出の義務です。タックスアンサー No.7455 は、法定調書の種類ごとに、前々年に提出すべきであったその法定調書の提出枚数が「30枚以上」（令和8年12月31日以前に提出する法定調書については「100枚以上」）であるものについては、e-Tax、光ディスク等又は国税庁長官の認定を受けたクラウドサービス等による提出が必要である、としています。従業員数十人規模の会社が一気に対象へ入ってくる変更です。

判定でつまずきやすいのが、みなし提出との関係です。Ｑ＆Ａ問9は、基準年に提出すべきであった源泉徴収票の枚数は、令和9年1月1日以後も改正前の提出範囲で税務署に提出すべきであった源泉徴収票の枚数で判定する、と説明しています。さらに、支払報告書を市区町村に提出したことで税務署にはみなし提出となっている場合（実際に税務署へ提出した源泉徴収票は0枚）でも、「基準年に税務署に提出すべきであった源泉徴収票」は0枚とはならない、と注意を促しています。

国税庁が示す具体例は次のとおりです。令和11年に給与支払報告書を提出する際の判定（基準年は令和9年）で、支払金額600万円の年末調整済給与支払報告書50枚を市区町村へ提出していた場合、基準年に提出すべき給与所得の源泉徴収票は50枚と判定され、電子的提出義務があります。一方、支払金額600万円の年末調整済20枚と支払金額40万円の乙欄適用15枚を提出していた場合は、改正前の提出範囲に当てはめると前者20枚は含まれ後者15枚は含まれないため、判定枚数は20枚となり義務はありません。

当事務所の見解・実務上の注意点｜「提出不要」の3つの誤解

顧問先からこの改正について質問を受けるとき、当事務所が最初に確認するのは「何が不要になったのか」ではなく「何が残っているのか」です。実務で損をするのは、残っている義務を落とす会社だからです。国税庁の資料から読み取れる、誤解しやすい3点を挙げます。

誤解1：提出義務そのものが消えたと思ってしまう

Ｑ＆Ａ問15は、みなし提出の特例は市区町村に支払報告書を提出した場合に税務署に源泉徴収票を提出したものとみなされる制度であるが、税務署への源泉徴収票の提出義務自体は引き続き残っていると述べています。そのうえで、みなされた源泉徴収票（市区町村に提出した支払報告書）の記載内容の確認などのため、税務署から連絡が来る場合があるとしています。また問13は、みなし提出がされた旨の通知等が税務署から届くことはない、としています。つまり「税務署から何も来ない＝手続が完了した証拠」ではありません。eLTAXなら申告受付完了通知の確認をもって完了とする運用が安全です。

誤解2：訂正のときも支払報告書だけでよいと考えてしまう

年分によって扱いが分かれます。Ｑ＆Ａ問10・問11は、令和7年分の源泉徴収票は特例の対象外であり、提出を忘れていた場合は税務署に提出し、提出済みのものに誤りがあった場合は無効分と訂正分を税務署に提出する、としています。一方、問12は、令和8年分の支払報告書に誤りがあった場合、eLTAXで提出したものは提出区分を「訂正」として再提出すればよく、正しい内容に訂正した支払報告書を市区町村に提出することで税務署に訂正した源泉徴収票を提出したものとみなされるため、別途、税務署に訂正分や無効分の源泉徴収票を提出する必要はない、としています。令和7年分は税務署、令和8年分は市区町村という切り替えの年をまたぐ点に注意してください。なお光ディスク等又は書面で提出した支払報告書の訂正方法は市区町村ごとに異なるとされているため、提出先へ確認が必要です。

誤解3：30枚基準を「実際に出した枚数」で数えてしまう

これが最も実害の出やすい論点です。みなし提出を使うと税務署へ実際に提出する源泉徴収票は0枚になりますが、前述のとおり電子的提出義務の判定上は0枚として扱われません。「今年から税務署に出していないのだから判定も関係ない」と考えて書面提出を続けると、義務違反になり得ます。従業員30人前後の会社は、改正前の提出範囲で数えるといま何枚になるのかを一度カウントしておいてください。継続的な堺市の税務顧問のなかでも、この枚数カウントは年に一度必ず確認する項目にしています。

eLTAXでの一元化機能の終了は今月

見落とされがちなのが、既存の便利機能の終了です。国税庁の特設ページは、源泉徴収票と支払報告書を同時に作成・提出することができる「eLTAXでの電子的提出の一元化機能」は令和8年9月をもって終了しますとしています。この一元化機能は、eLTAXで支払報告書の電子申告用データを作成する際に税務署提出用の源泉徴収票のデータも同時に作成し、一括送信すると支払報告書は各市区町村へ、源泉徴収票はe-Taxで所轄税務署へそれぞれ提出される、という仕組みでした。いま一元化機能を前提に手順書を作っている会社は、令和8年分の事務から手順が変わります。給与計算から法定調書の作成までを外部に委ねている場合は、記帳・経理代行の委託先と9月中に手順の確認をしておくと年明けが穏やかになります。

今すぐやるべきこと｜年末調整前に固める5つの手順

令和8年分の年末調整が始まる前に片づけておきたい作業を、順番に並べます。

1. ステップ1：令和8年分の源泉徴収票は税務署に出さない運用に切り替える
   令和9年1月に提出する令和8年分から対象です。市区町村への給与支払報告書の提出を確実に行う体制を先に固めます。担当者の手順書に「税務署提出用の源泉徴収票を作成する」という工程が残っていれば削除します。
2. ステップ2：受給者への交付の工程は残す
   すべての受給者への交付は義務として残ります。翌年1月31日まで、年の中途で退職した方は退職の日以後1か月以内という期限も変わりません。電磁的方法による提供に切り替える場合は、あらかじめ受給者の承諾を得るなど一定の要件があります。
3. ステップ3：合計表を出す必要があるかを法定調書の種類ごとに判定する
   退職所得の源泉徴収票、報酬・料金等の支払調書、不動産の使用料等の支払調書、不動産等の譲受けの対価の支払調書、あっせん手数料の支払調書のいずれかを出すなら合計表は必要です。今期の支払先を洗い出して確認します。
4. ステップ4：電子的提出義務の判定枚数を数える
   改正前の提出範囲（役員150万円超、士業250万円超、その他500万円超など）で数えた枚数が30枚以上になるかを確認します。該当するなら、e-Tax、光ディスク等、認定クラウド等のどれで出すかを決めます。
5. ステップ5：eLTAXでの提出に切り替えるかを9月中に判断する
   一元化機能は令和8年9月で終了します。eLTAXでの給与支払報告書の提出はマイナポータル連携の対象になるため、従業員の確定申告の利便性まで含めて判断します。利用者登録や対応ソフトの準備が要る場合は、年末調整の繁忙期に入る前に着手してください。

• ☑ 令和8年分から税務署提出用の源泉徴収票は作成しない
• ☑ 受給者への交付は全員分を継続する
• ☑ 他の法定調書があるかを確認し合計表の要否を決める
• ☑ 改正前の提出範囲で数えた枚数が30枚以上かを確認する
• ☑ 令和7年分の訂正・提出漏れは税務署へ提出する

よくある質問

Q. 令和8年分の源泉徴収票は、税務署に提出しなくてよいのですか？

A. 令和9年1月1日以後に提出すべき源泉徴収票、つまり令和8年分以後の源泉徴収票が対象です。市区町村に給与支払報告書を提出していれば、税務署に給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。ただし令和7年分の源泉徴収票は対象外で、提出漏れや訂正がある場合は従来どおり税務署に提出します。

Q. 従業員へ渡す源泉徴収票も作らなくてよくなりますか？

A. 受給者本人への交付は改正前と変わらず必要です。国税庁は、みなし提出の特例により給与支払報告書を提出した場合であっても、すべての受給者に対して翌年1月31日まで（年の中途で退職した方は退職の日以後1か月以内）に交付しなければならないとしています。書面に代えて電磁的方法で提供することも可能です。

Q. 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表も提出不要になりますか？

A. 給与所得の源泉徴収票だけを提出していた事業者は、合計表の提出も不要になります。ただしこの合計表は6種類の法定調書の兼用様式です。退職所得の源泉徴収票や報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書など他の5つのいずれかを税務署に出すときは、引き続き合計表の提出が必要です。

Q. 書面で給与支払報告書を出しても、みなし提出になりますか？

A. なります。国税庁のＱ＆Ａは、支払報告書はeLTAX、光ディスク等又は書面により提出でき、いずれの提出方法であっても税務署に源泉徴収票を提出したものとみなされるとしています。ただしマイナポータル連携の対象になるのはeLTAXで提出したものだけで、書面や光ディスク等は対象外です。従業員が医療費控除やふるさと納税で確定申告をする会社ほど、eLTAXに切り替える利点が大きくなります。

Q. みなし提出になったかどうか、税務署から通知は届きますか？

A. 届きません。Ｑ＆Ａは、支払報告書を市区町村に提出したあとに税務署から提出義務者へみなし提出がされた旨の通知等が届くことはなく、市区町村に提出すれば自動的にみなされる、としています。eLTAXで提出して市区町村への提出が完了した場合はメッセージボックスに申告受付完了通知が格納されるため、PCdesk等のメッセージ照会画面で結果を確認する運用にしておくと安心です。なお記載内容の確認のため税務署から連絡が来る場合はある、とされています。

Q. この改正で、給与支払報告書の提出期限は変わりますか？

A. 変わりません。タックスアンサー No.7411 は、その年の翌年1月1日現在において給与等の支給を受けているすべての受給者の給与支払報告書を、受給者のその年の翌年1月1日現在の住所地の市区町村へ、その年の翌年1月31日までに提出しなければならないとしています。年の中途で退職した受給者については退職時の住所地の市区町村が提出先です。税務署への源泉徴収票が不要になっても、1月31日という期限が緩むわけではありません。

参考資料・出典

• 国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例　特設ページ」
• 国税庁 課税総括課「源泉徴収票（給与所得・公的年金等）のみなし提出の特例に関するＱ＆Ａ」（令和8年4月）
• 国税庁リーフレット「令和9年1月から源泉徴収票の提出方法が変わります」
• 国税庁タックスアンサー No.7411「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等
• 国税庁タックスアンサー No.7455 法定調書の提出枚数が30枚以上の場合のe-Tax、光ディスク等又は認定クラウド等による提出義務
• 国税庁タックスアンサー No.7401 法定調書の種類
• 国税庁「法定調書（源泉徴収票、支払調書）」
• 国税庁「給与・公的年金等の支払報告書及び源泉徴収票のeLTAXでの一括作成・提出（電子的提出の一元化）について」

本記事は令和8年9月8日時点の上記資料に基づいています。個別の判断は所轄税務署又は関与税理士にご確認ください。