マイナポータル連携2026｜令和9年1月から給与情報が自動入力

年末調整と法定調書の準備が始まるこの時期に、来年1月の提出方法を決めておきたい改正があります。国税庁は令和8年9月4日、「令和8年分の確定申告はスマホとマイナポータル連携でもっと便利に！」というページを公表し、令和9年1月以降はより多くの方に給与情報のマイナポータル連携を利用いただけるようになる、と案内しました。従業員側の話に見えますが、対象になるかどうかを決めるのは給与を支払う側が選ぶ提出方法です。本記事では、事業者向け・利用者向けの国税庁ＦＡＱに沿って、何がいつから変わり、自社は9月から何をしておくべきかを整理します。

マイナポータル連携とは｜令和9年1月から給与情報が自動入力の対象に

マイナポータル連携とは、所得税の確定申告や年末調整の手続で、マイナポータル経由で給与所得の源泉徴収票や控除証明書等のデータを一括取得し、申告書の該当項目へ自動入力する機能です。確定申告では、国税庁ホームページの確定申告書等作成コーナーからマイナンバーカードを利用してe-Taxで提出する場合に限り利用できます。国税庁は、令和7年分の確定申告では約408万人がマイナポータル連携を利用したとしています。

令和9年1月1日以後の給与支払報告書が新たに対象になる

これまで、給与情報の自動入力の対象になっていたのは、勤務先が税務署に「給与所得の源泉徴収票」をe-Tax又は認定クラウド等で提出した場合だけでした。市区町村へ出す「給与支払報告書」は対象外でした。

令和9年1月1日以後は、eLTAX（地方税ポータルシステム）により市区町村へ提出された令和8年分以後の給与支払報告書が、マイナポータル連携による自動入力の対象に加わります。国税庁の事業者向けＦＡＱは、この場合「令和9年2月以降、マイナポータル連携の対象となりますので、ぜひ地方税ポータルシステム（eLTAX）でご提出ください」としています。

なぜ「大幅に増える」のか

理由は提出範囲の差です。税務署に出す給与所得の源泉徴収票には、年末調整をしたもので給与等の支払金額が500万円を超えるものなど、受給者の区分ごとの金額基準がありました。一方、市区町村に出す給与支払報告書は金額基準なく提出が必要です（年の中途で退職した者に対するその年中に支払った給与等の支払金額が30万円以下である場合を除きます）。

そして令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の給与所得の源泉徴収票の提出範囲は、給与支払報告書の提出範囲と同一になります（令和5年度税制改正）。給与支払報告書がeLTAXで出されていれば、支払金額が500万円以下の従業員やパート・アルバイトの給与情報も連携の対象に入る、という構図です。

なお、この改正は「日本版記入済み申告書」（書かない確定申告）の実現に向けた一施策として実施されるものだと国税庁は説明しています。数回のクリックやタップで申告が完了する仕組みを目指す、という文脈に置かれた改正です。

連携できるのは給与情報だけではない

マイナポータル連携の対象は、収入関係では給与所得の源泉徴収票・公的年金等の源泉徴収票・株式の特定口座年間取引報告書・生命保険契約等の一時金や年金・損害保険契約等の満期返戻金等や年金、控除関係では医療費・寄附金（ふるさと納税等）・社会保険（国民年金保険料等）・生命保険料や地震保険料・iDeCo・住宅ローン控除関係などです。国税庁は、令和8年1月から生命保険契約等と損害保険契約等の4種類の支払調書が連携に対応し、令和8年2月からふるさと納税以外の一部の寄附金が対応したとしています。

証明書を発行する企業や団体も順次増えています。令和9年1月から新たに対応予定として国税庁が挙げているのは、アフラック生命保険・かんぽ生命保険・第一フロンティア生命保険・エヌエヌ生命保険・SOMPOひまわり生命保険の5社と、世界自然保護基金ジャパン・東北大学・東京大学・熊本大学・グッドネーバーズ・ジャパン・新潟大学・金沢大学・鹿児島大学の8団体です。ただし国税庁は、対応予定の事業者は現在対応に向けたシステム構築中のため実際の運用時には変更となる場合があるとしています。

中小企業への実務影響｜提出方法で従業員の確定申告が変わる

ここが本記事の中心です。マイナポータル連携の可否は、事業者が選んだ提出方法だけで決まります。国税庁の事業者向けＦＡＱは、令和9年1月1日以後の取扱いを提出方法ごとに次のとおり整理しています。

書面や光ディスク等で提出した場合が対象外である理由について、国税庁は「従業員の方に対して確定申告までに事業者の方が提出した給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票の情報を速やかに連携する必要がありますが、書面や光ディスク等で提出した場合には情報連携に時間を要するためです」としています。国税庁は、この場合の救済措置を示していません。制度の趣旨からくる線引きです。

eLTAX提出なら従業員のe-Taxへ即時連携

令和9年1月1日以後に令和8年分以後の給与支払報告書をeLTAXで市区町村へ提出した場合、従業員のe-Taxには即時情報が連携されます（eLTAXとe-Taxがいずれも稼働時間内である等の条件があります）。従業員側には、給与情報が取得可能になるとe-Taxのメッセージボックスに格納した旨の通知が届きます。

市販の会計ソフトでも対象になる

専用のシステムが必要という話ではありません。国税庁は、市販の会計ソフト等を利用していても、国税庁の仕様に適合したXMLファイルによりeLTAXで提出されていれば、マイナポータル連携の対象となるとしています。自社の給与計算ソフトがeLTAX提出に対応しているかを確認するのが実務上の入口です。

期限後でも訂正分でも、オンライン提出なら対象

提出期限は1月31日ですが、国税庁は、給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票はオンライン提出されていればいつ提出したとしてもマイナポータル連携の対象となる、訂正分等や期限後に提出されたものであってもeLTAX等でオンライン提出されたものは自動入力の対象となる、としています。もっとも、従業員が2月から申告を始められるようにするには期限内提出が前提です。なお、従業員が複数か所で働いている場合は、それぞれの勤務先がオンライン提出していればその全てが連携の対象になり、同一の勤務先から複数回提出された場合は最新の訂正後の給与情報だけが対象です。

令和8年9月で終わる機能がある

源泉徴収票の本人交付義務は残る

誤解しやすい点です。給与情報のマイナポータル連携に対応するために給与支払報告書をeLTAXで提出した場合であっても、事業者から従業員へ給与所得の源泉徴収票が交付されたものとはみなされません。国税庁は、源泉徴収票の交付を不要とするものではないと明示しています。従業員への交付は引き続き必要で、書面での交付に代えて電磁的方法によることも可能です。

従業員から提出方法を聞かれたら答える必要がある

従業員が自分の給与支払報告書や源泉徴収票の提出状況・提出方法を確認したい場合、市区町村や税務署に問い合わせても回答は得られません。国税庁は、この点について事業者の方から従業員の方へ回答していただくようお願いしますとしています。来年2月以降、従業員から「連携されないのですが」という問い合わせが総務・経理に来ることを前提に、自社の提出方法を答えられる状態にしておく必要があります。給与計算や年末調整の作業をクラウド化して提出経路を1本化しておきたい場合は、クラウド会計・DX支援もあわせてご検討ください。

当事務所の見解・実務上の注意点｜連携が切れる3つの落とし穴

この改正は「eLTAXで出せば終わり」ではありません。国税庁ＦＡＱを読み込むと、オンライン提出をしていても連携されない場合が明示されています。当事務所が中小企業の実務で特に危ないと考えるのは次の3点です。

落とし穴1：フリガナがカタカナでないと連携されない

国税庁は、給与情報が連携されるには給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票に「マイナンバー」「氏名（フリガナを含みます。）」「住所」「生年月日」等の情報が適切に記載されている必要があるとし、さらにフリガナを記載する際はカタカナで記載するよう求めています。アルファベットやひらがな、記号等のカタカナ以外の文字を記載した場合は給与情報が連携されません。外国人従業員のミドルネームや、社内システムからの流し込みで半角カタカナ以外が混じるケースは要注意です。

落とし穴2：マイナンバーの入力がないと、オンライン提出でも対象外

マイナンバーの提供を受けられない従業員がいることは実務上珍しくありませんが、その帰結が「本人の確定申告が自動入力にならない」という形で本人に返ってくる構造になりました。年末調整の案内と同時に、番号提供の依頼をもう一度掛けておく実務上の理由がここにあります。

落とし穴3：訂正を書面で出すと、訂正前の情報が連携され続ける

国税庁は、eLTAXで給与支払報告書を提出した後、訂正のために市区町村へ給与支払報告書を書面で提出した場合、訂正された情報は連携されないため、従業員のマイナポータルには訂正前の給与情報が連携されることとなる、としています。

さらに、誤った内容の給与支払報告書等を提出した後に訂正した内容を提出しなかった場合には、誤った内容の給与情報のみが自動入力の対象になります。訂正の提出経路を当初提出と揃えることが、そのまま従業員の申告の正確性に直結します。国税庁は、従業員へ訂正前の源泉徴収票を交付している場合は、正しい源泉徴収票を交付のうえ、確定申告では正しい源泉徴収票に基づき入力してもらう旨を伝えるよう求めています。

今すぐやるべきこと｜9月から1月までの5つの手順

国税庁ＦＡＱは、給与支払報告書の市区町村への提出期限及び給与所得の源泉徴収票の税務署への提出期限を「翌年1月31日」としており、令和8年分なら令和9年1月31日です。9月から着手する順に並べます。

1. ステップ1：eLTAXの電子的提出一元化機能を使っていないか確認する
   この機能は令和8年9月をもって廃止されます。使っていた場合は、来年1月の提出を「給与支払報告書をeLTAX」に寄せるか「源泉徴収票をe-Tax又は認定クラウド等」に寄せるかを決め直してください。
2. ステップ2：給与計算ソフトのeLTAX提出対応を確認する
   市販の会計ソフト等でも、国税庁の仕様に適合したXMLファイルでeLTAX提出されていれば対象になります。ソフト会社の対応状況と、必要な更新の時期を確認します。
3. ステップ3：従業員データのマイナンバー・フリガナ・住所・生年月日を棚卸しする
   マイナンバー未提供者の一覧と、フリガナがカタカナ以外になっている行を洗い出します。年末調整の案内と同じタイミングで回収するのが効率的です。
4. ステップ4：訂正時の提出経路を書面にしないルールを決める
   訂正分をeLTAX以外で出すと訂正前の情報が連携され続けます。当初提出と訂正提出を同じ経路にする運用を、担当者の手順書に落としてください。
5. ステップ5：従業員への案内文を用意する
   従業員側にも、マイナンバーカード方式でのe-Tax利用と、e-Taxマイページでの情報取得希望の登録が必要です。提出方法の問い合わせには事業者が回答することになるため、あらかじめ自社の提出方法を明記した案内を作っておくと問い合わせ対応が軽くなります。

• ☑ eLTAX電子的提出一元化機能の利用有無（令和8年9月廃止）
• ☑ 給与計算ソフトのeLTAX提出対応とXML仕様適合
• ☑ マイナンバー未提供者のリストと再依頼
• ☑ フリガナがカタカナで統一されているか
• ☑ 訂正分の提出経路を当初提出と揃えるルール
• ☑ 従業員向け案内（提出方法・事前準備・源泉徴収票は引き続き交付）

個人で確定申告をされる方の側の準備は別記事の範囲になりますが、事業所得や不動産所得があって毎年確定申告をしている方は、個人事業主の確定申告サポートの中で事前準備の状況もあわせて確認しています。

よくある質問

Q. 給与支払報告書を書面で提出していますが、従業員は自動入力を使えますか？

A. 使えません。国税庁は、給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票を書面や光ディスク等で提出した場合は自動入力の対象とならないとしています。理由は、書面や光ディスク等では情報連携に時間を要するためだと説明されています。従業員が自動入力を利用できる状態にするには、給与支払報告書をeLTAXで提出するか、給与所得の源泉徴収票をe-Tax若しくは認定クラウド等で提出する必要があります。

Q. 令和8年分の確定申告で、いつから給与情報を取得できますか？

A. 給与支払報告書の市区町村への提出期限と給与所得の源泉徴収票の税務署への提出期限は翌年1月31日です。国税庁は、勤務先から1月31日までに提出されていることを前提にすれば例年2月頃から前年分の給与情報をマイナポータル連携で利用できるようになるとしています。eLTAXで提出された令和8年分以後の給与支払報告書については、令和9年2月以降が対象です。

Q. マイナンバーの提供を受けられない従業員がいる場合はどうなりますか？

A. その従業員の給与情報は連携されません。国税庁は、マイナンバーの入力のない給与支払報告書や給与所得の源泉徴収票は、e-Tax（eLTAXを含みます。）又は認定クラウド等で提出されていてもマイナポータル連携の対象とならないとしています。あわせて氏名のフリガナ・住所・生年月日にも誤りや不足・不備があると連携されないため、年末調整の案内と同時に情報の精度を確認しておくのが安全です。

Q. eLTAXで給与支払報告書を出せば、従業員への源泉徴収票の交付は不要になりますか？

A. 不要にはなりません。国税庁は、給与情報のマイナポータル連携に対応するために給与支払報告書をeLTAXで提出した場合であっても、事業者から従業員へ給与所得の源泉徴収票が交付されたものとはみなされず、交付を不要とするものではないとしています。従業員への交付は引き続き必要です。なお、書面での交付に代えて電磁的方法によることも可能です。

Q. 自動入力されない項目はありますか？

A. 国税庁ＦＡＱによると、連携の対象となるのは給与支払報告書または給与所得の源泉徴収票のうち、申告される方の住所・氏名・マイナンバー、控除対象配偶者、控除対象扶養親族、支払者のマイナンバー又は法人番号などを除く情報で、そのうち確定申告に必要な項目が自動入力の対象です。摘要欄に記載された扶養親族の情報など一部の項目は自動入力の対象とならず、入力画面から直接入力する必要があります。自動入力された内容は、勤務先から交付された源泉徴収票と一致していることを必ず確認してください。

Q. 従業員側に必要な事前準備は何ですか？

A. 国税庁ＦＡＱによると、マイナンバーカードを用いてe-Taxを利用するための手続、マイナポータルの利用者登録とe-Taxとの連携設定、e-Taxのマイページからの情報取得希望の登録およびカナ氏名の入力・マイナンバー等の提供が必要です。マイナンバーや氏名等の変更がない限り初回のみの手続です。ID・パスワード方式を利用したe-Tax申告では給与情報を取得できず、マイナンバーカード方式のみが対象です。

参考資料・出典

• 国税庁「令和8年分の確定申告はスマホとマイナポータル連携でもっと便利に！」（令和8年9月4日）
• 国税庁「トピックス一覧」（上記ページの公表日 令和8年9月4日を掲載）
• 国税庁「給与情報のマイナポータル連携に関するＦＡＱ（事業者向け）【令和9年1月以降版】」（令和8年4月30日）
• 国税庁「給与情報のマイナポータル連携に関するＦＡＱ（利用者向け）」（令和8年4月30日）
• 国税庁「給与所得の確定申告がさらに簡単に！【利用者用ページ】」
• 国税庁「源泉徴収票のみなし提出の特例　特設ページ」
• 国税庁「マイナポータル連携対応予定のお知らせ」（令和8年8月）
• 国税庁「マイナポータル連携特設ページ」
• 国税庁「マイナポータル連携でデータが自動で反映」（令和8年8月）

本記事は令和8年9月9日時点の上記資料に基づいています。個別の判断は所轄税務署又は関与税理士にご確認ください。