技能実習生・特定技能2026｜労基署調査の違反率73.2%と3大違反

厚生労働省は令和8年9月15日、全国の労働基準監督署等が令和7年に技能実習生または特定技能外国人を使用する事業場に対して行った監督指導（立入調査）や送検等の状況を公表しました。技能実習生を使用する事業場では監督指導を実施した13,148事業場のうち9,619事業場、73.2%で労働基準関係法令違反が認められています。

数字そのものより重要なのは、どの条文で引っかかっているかです。上位3項目は技能実習・特定技能のどちらも同じ顔ぶれで、外国人雇用に固有の論点というより、労務管理の基本部分が抜けていることを示しています。この記事では公表資料の中身を整理したうえで、是正に伴って発生する割増賃金の遡及払いや健康診断費用、罰金の税務上の取扱いまでを国税庁の公表資料に沿って確認します。

監督指導結果の概要と5年間の推移

令和7年の監督指導・送検の全体像

公表は報道発表資料と2つの別紙（別紙1が技能実習生、別紙2が特定技能外国人）で構成されています。
監督指導の状況は次のとおりです。

違反率は5年間ほぼ横ばい、調査件数は増加

技能実習生に関する監督指導は、令和3年が9,036事業場で違反6,556事業場（72.6%）、令和4年が9,829事業場で7,247事業場（73.7%）、
令和5年が10,378事業場で7,602事業場（73.3%）、令和6年が11,355事業場で8,310事業場（73.2%）、そして令和7年が13,148事業場で9,619事業場（73.2%）です。
違反率はおおむね73%前後で動いていませんが、監督指導を実施した事業場数は令和3年の9,036事業場から令和7年の13,148事業場へ増えています。

特定技能外国人についても、監督指導実施事業場が前年の5,750事業場から8,082事業場へ大きく増えました。
違反率は76.4%から76.5%とほぼ同水準です。

労働者本人からの申告も一定数ある

監督指導は行政の側から入るものだけではありません。令和7年に技能実習生から労働基準監督署等に対して労働基準関係法令違反の是正を求めてなされた
申告の件数は108件で、令和3年126件、令和4年145件、令和5年141件、令和6年112件と推移しています。
主な申告内容は賃金・割増賃金の不払93件、解雇手続の不備15件、支払われる賃金額が最低賃金未満7件の順でした。
特定技能外国人からの申告は150件で、賃金・割増賃金の不払131件、支払われる賃金額が最低賃金未満19件、解雇手続の不備17件の順です。

送検に至る事案は重大・悪質なものに限られる

令和7年に重大・悪質な労働基準関係法令違反の事案として送検された件数は、技能実習生に関するもので26件、特定技能外国人に関するもので9件でした。
送検事例を見ると、違反があっただけでなく行為の悪質さが決め手になっています。
技能実習の事例1では、36協定で定めた回数を超えて時間外労働を行わせたことに加え、
「偽装した労働時間記録を提出し、労働基準監督署に虚偽の報告を行ったこと」が労働基準法第120条第4号違反として併せて立件されました。

中小企業への実務影響と多い違反3項目

上位3項目は技能実習・特定技能で共通

主な違反事項は、技能実習生では使用する機械等の安全基準2,994件（22.8%）、健康診断結果についての医師等からの意見聴取2,066件（15.7%）、
割増賃金の支払2,045件（15.6%）の順でした。特定技能外国人では安全基準1,676件（20.7%）、健康診断結果についての医師等からの意見聴取1,349件（16.7%）、
割増賃金の支払1,315件（16.3%）です。順位も割合もほぼ一致しています。

注意したいのは、健康診断そのものの未実施（技能実習1,162件・8.8%）より、実施したあとの意見聴取の漏れのほうが件数が多いことです。
健康診断を受けさせて終わりにしている事業場が多い、ということです。

業種によって違反率は大きく変わる

技能実習生を使用する事業場を業種別に見ると、建設が2,808事業場のうち2,252事業場（80.2%）で最も高く、
以下、農・畜産589事業場のうち444事業場（75.4%）、繊維・衣服製造505事業場のうち366事業場（72.5%）、
食料品製造1,738事業場のうち1,248事業場（71.8%）、機械・金属製造3,523事業場のうち2,416事業場（68.6%）と続きます。

特定技能外国人では建設が1,238事業場のうち1,008事業場（81.4%）、飲食店が366事業場のうち295事業場（80.6%）、
社会福祉施設が1,047事業場のうち802事業場（76.6%）、食料品製造が1,399事業場のうち1,065事業場（76.1%）、
工業製品製造が1,722事業場のうち1,272事業場（73.9%）です。建設と飲食店で8割を超えています。

行政機関どうしの通報が調査の入り口になる

労働基準監督署等は、技能実習では外国人技能実習機構等との間で、特定技能では出入国在留管理機関との間で、法令違反の相互通報を行っています。
令和7年に労働基準監督署等から外国人技能実習機構へ通報した件数は674件、外国人技能実習機構から労働基準監督署等へ通報された件数は2,293件でした。
特定技能では労働基準監督署等から出入国在留管理機関へ502件、出入国在留管理機関から労働基準監督署等へ101件です。

加えて、強制労働等の人権侵害が疑われる事案などについては合同監督・調査が行われており、技能実習で54事業場、特定技能で9事業場に実施されました。
受入れ機関としての監査で指摘された事項が、労働基準監督署の立入調査につながる経路が実際にあるということです。

当事務所の見解・是正に伴う税務上の注意点

遡及払いした割増賃金は「いつの給与」として源泉徴収するか

是正勧告を受けて過去分の割増賃金をまとめて支払う場合、源泉徴収をどの月の給与として処理するかが実務上の最初の論点になります。
国税庁のタックスアンサーNo.2509「給与所得の収入金額の収入すべき時期」は、一般の給与について
「契約または慣習その他株主総会の決議等により支給日が定められているもの」はその支給日、
「支給日が定められていないもの」はその支給を受けた日としています。

追加で支払う割増賃金は、あらかじめ支給日が定められていない場合が多く、その場合は実際に支払った日の給与として源泉徴収することになります。
同じ資料は給与規程の改訂に伴う新旧給与の差額についても、支給日が定められているものはその支給日、定められていないものはその改訂の効力が生じた日と整理しています。
自社の支払いがどちらの型に当たるのかを、支給の根拠となる書面で確認してください。

健康診断の費用は給与課税されないが、対象者の定め方が条件

意見聴取の漏れを是正する過程で、健康診断の実施体制そのものを見直す事業場は少なくありません。
費用負担について、国税庁の質疑応答事例「人間ドックの費用負担」は給与等として課税する必要はないと回答しています。
ただし無条件ではなく、「役員や特定の地位にある人だけを対象としてその費用を負担するような場合には課税の問題が生じます」と明示したうえで、
一定年齢以上の希望者は全て検診を受けることができ、かつ検診を受けた者の全てを対象としてその費用を負担する場合に課税不要としています。
関係法令通達として所得税基本通達36-29が挙げられています。

罰金は損金にならないが、未払賃金の支払いは人件費

送検され罰金を科された場合、その罰金は損金になりません。国税庁のタックスアンサーNo.5300「租税公課等の損金算入の可否と租税の損金算入時期」は、
損金の額に算入されない主な租税公課等として「罰金および科料（外国または外国の地方公共団体が課する罰金または科料に相当するものを含みます。）ならびに過料」を挙げ、
あわせて「各種加算税および各種加算金、延滞税および延滞金（地方税の納期限の延長に係る延滞金は除きます。）ならびに過怠税」も列挙しています。

一方で、是正勧告に応じて支払う未払いの割増賃金そのものは人件費であり、この列挙には含まれません。
公表資料の監督指導事例でも、不足分の割増賃金約1万円を技能実習生に支払ったという会社の対応が紹介されています。
罰則としての支出と、本来支払うべきだった賃金の支出を分けて経理することが出発点です。
賃金台帳や労働時間の記録は労働基準監督署だけでなく税務調査でも確認される資料ですから、
記帳・給与計算の経理代行を含めて記録の整備状況を一度点検されることをおすすめします。

今すぐやるべきこと

公表資料から読み取れる優先順位に沿って、次の順番で点検してください。

1. ステップ1：自社が立入調査の対象になり得るかを確認する
   技能実習生または特定技能外国人を受け入れているかを確認します。別紙1・別紙2で監督指導の実施件数が多い業種は、技能実習が機械・金属製造3,523事業場、建設2,808事業場、食料品製造1,738事業場、特定技能が工業製品製造1,722事業場、食料品製造1,399事業場、建設1,238事業場です。これらに当てはまる場合は、優先的に社内点検を行ってください。
2. ステップ2：多い違反3項目を自社で点検する
   技能実習・特定技能のどちらでも上位3項目は同じです。使用する機械等の安全基準（労働安全衛生法第20〜25条）、健康診断結果についての医師等からの意見聴取（同法第66条の4）、割増賃金の支払（労働基準法第37条）の3つです。健康診断を実施していても、その結果について医師等から意見を聴いていなければ違反になります。
3. ステップ3：就業制限のある業務と資格者の対応表を作る
   送検事例では、最大荷重1トン以上のフォークリフトの運転や、可燃性ガス及び酸素を用いて行う金属の溶接・溶断・加熱の業務に、資格のない外国人労働者を就かせたことが労働安全衛生法第61条違反として立件されています。
4. ステップ4：36協定の特別延長回数と年次有給休暇の時季指定を実績で確認する
   送検事例には、特別条項付き36協定で定めた1か月につき42時間を超えて延長できる回数6回を超えたもの、1か月当たり100時間を超える違法な時間外・休日労働を行わせたものがあります。監督指導事例では、10日以上の年次有給休暇が付与された特定技能外国人について1年以内に5日分の時季指定が行われず是正勧告を受けています。協定の文面ではなく実績で点検してください。
5. ステップ5：労働災害が起きたら労働者死傷病報告を必ず提出する
   技能実習の送検事例には、休業4日以上の労働災害について所轄労働基準監督署長に対して遅滞なく労働者死傷病報告を提出しなかったことが、労働安全衛生法第100条第1項違反として立件されたものがあります。
6. ステップ6：是正に伴う支払いと費用の税務処理を確認する
   遡及して支払う割増賃金の源泉徴収の時期、健康診断費用の取扱い、罰金の損金不算入は、いずれも国税庁の公表資料で確認できます。

• ☑ 健康診断の結果について医師等から意見を聴き、その記録を残しているか
• ☑ 就業制限業務に、技能講習を修了していない者が就いていないか
• ☑ 36協定の特別延長回数を実績が超えていないか
• ☑ 年次有給休暇の5日の時季指定を全員分行っているか
• ☑ 賃金台帳に割増賃金の計算根拠が残っているか

労務の是正は、そのまま人件費と源泉所得税の処理に跳ね返ります。判断と経理処理をまとめてご相談いただく場合は、堺市の税務顧問としてご対応しています。

よくある質問

Q. 違反率73.2%というのは、外国人を雇うと7割以上の会社が違反しているという意味ですか？

A. そうではありません。厚生労働省の別紙1は、監督指導の対象を「技能実習生を使用しており、労働基準関係法令違反が疑われる13,148事業場」と説明しています。もともと違反の疑いがある事業場を選んで立入調査した結果の割合ですから、外国人を雇う事業場全体の違反率ではありません。参考として、令和6年度に技能実習を実施した実習実施者数は71,985者、特定技能所属機関の数は令和7年末時点で62,996機関とされています。

Q. 違反が見つかった場合、技能実習生や特定技能外国人に関するものだけが問題になるのですか？

A. いいえ。別紙1は「違反は実習実施者に認められたものであり、技能実習生以外の労働者に関する違反も含まれる」、別紙2は「違反は事業場に認められたものであり、特定技能外国人以外の労働者に関する違反も含まれる」と注記しています。外国人従業員をきっかけに立入調査が入っても、確認されるのは事業場全体の労務管理です。日本人従業員の割増賃金や年次有給休暇の時季指定、就業規則の整備も同じ場で見られることになります。

Q. 労働基準監督署と入管や技能実習機構は、情報をやり取りしているのですか？

A. 行われています。令和7年に労働基準監督署等から外国人技能実習機構へ通報した件数は674件、外国人技能実習機構から労働基準監督署等へ通報された件数は2,293件でした。特定技能では労働基準監督署等から出入国在留管理機関へ502件、出入国在留管理機関から労働基準監督署等へ101件です。さらに強制労働等の人権侵害が疑われる事案では合同監督・調査も行われ、技能実習で54事業場、特定技能で9事業場に実施されています。

Q. 過去分の割増賃金をまとめて支払うとき、源泉徴収はいつの分として処理しますか？

A. 国税庁のタックスアンサーNo.2509は、一般の給与について「契約または慣習その他株主総会の決議等により支給日が定められているもの」はその支給日、「支給日が定められていないもの」はその支給を受けた日が収入すべき時期になるとしています。是正勧告を受けて追加で支払う割増賃金は、支給日があらかじめ定められていないことが多く、その場合は実際に支払った日の給与として源泉徴収します。

Q. 従業員の健康診断の費用を会社が負担すると、給与として課税されますか？

A. 国税庁の質疑応答事例「人間ドックの費用負担」は、給与等として課税する必要はないと回答しています。ただし条件があり、「役員や特定の地位にある人だけを対象としてその費用を負担するような場合には課税の問題が生じます」と述べたうえで、一定年齢以上の希望者は全て検診を受けることができ、かつ検診を受けた者の全てを対象として費用を負担する場合は課税不要としています。社内規程で対象者の範囲を定めておくことが要点です。

Q. 送検されて罰金を支払った場合、その罰金は経費になりますか？

A. なりません。国税庁のタックスアンサーNo.5300は、損金の額に算入されない主な租税公課等として「罰金および科料（外国または外国の地方公共団体が課する罰金または科料に相当するものを含みます。）ならびに過料」を挙げています。各種加算税・加算金、延滞税・延滞金も同様に損金不算入です。一方で、是正のために支払う未払いの割増賃金そのものは人件費であり、損金不算入の対象ではありません。

参考資料・出典

• 外国人技能実習生又は特定技能外国人を使用する事業場に対して行った令和7年の監督指導、送検等の状況を公表します（厚生労働省・令和8年9月15日）
• 別紙1 技能実習生を使用する事業場に対する監督指導、送検等の状況（厚生労働省）
• 別紙2 特定技能外国人を使用する事業場に対する監督指導、送検等の状況（厚生労働省）
• No.2509 給与所得の収入金額の収入すべき時期（国税庁）
• 人間ドックの費用負担（国税庁 質疑応答事例）
• No.5300 租税公課等の損金算入の可否と租税の損金算入時期（国税庁）