保険料調整制度2026｜10月1日開始・パート保険料を3年軽減

パートやアルバイトの方が社会保険に入ると手取りが減る。この一点が、中小企業の現場で長く就業調整の理由になってきました。2026年10月1日、その手取りの目減りを直接和らげる仕組みが始まります。日本年金機構が案内している保険料調整制度です。

この制度は助成金でも補助金でもありません。事業主が短時間労働者の保険料の一部をいったん肩代わりして納付し、その追加負担額を3カ月後の保険料額から差し引くという、保険料の納付そのものに組み込まれた仕組みです。

本記事では、日本年金機構が2026年9月11日に更新した一連の案内ページとチラシをもとに、対象の判定、軽減額の水準、給与計算と源泉徴収への影響、そして中小企業がつまずきやすい点を整理します。

制度・改正の概要

保険料調整制度とは何か

日本年金機構は保険料調整制度を、新たに健康保険・厚生年金保険の加入対象となる短時間労働者が就業調整せずに働けるよう、対象となる事業所の事業主が被保険者の健康保険料・厚生年金保険料を一時的に一部追加負担することで、通算3年間、標準報酬月額が126,000円以下の短時間労働者の保険料負担を軽減できる制度、と説明しています。

事業主が追加負担した保険料は、いったん納付したあとに3カ月後の保険料額から差し引く形で還付されます。日本年金機構は、この仕組みによって最終的に事業主が納付する保険料は増えないとし、制度を利用して被保険者の保険料が軽減されても将来受け取る年金額は減らないとしています。

対象となる事業所は4類型

日本年金機構は、保険料調整制度の対象となる事業所を次の4つの条件として示しています。いずれかに該当し、かつ申出期限内に事業主から申し出た事業所が制度を利用できます。

（2）の適用拡大の時期は、厚生年金保険の被保険者数が36人から50人の事業所が2027年10月から、21人から35人が2029年10月から、11人から20人が2032年10月から、10人以下が2035年10月1日からと段階的に定められています。申出期限はいずれも、制度の利用が可能となった日から2年を経過した日が属する月の前月までです。

対象となる被保険者と軽減割合

対象となるのは、短時間労働者として健康保険・厚生年金保険に加入する被保険者のうち、標準報酬月額が126,000円以下の方です。短時間労働者とは、1週間の所定労働時間または1月の所定労働日数が通常の労働者の4分の3未満で、週の所定労働時間が20時間以上、かつ学生ではない方をいいます。

軽減割合は標準報酬月額に応じて決まっており、制度利用開始月から通算して3年目は1年目・2年目の半分になります。

保険料軽減額は、標準報酬月額に保険料率と保険料軽減割合を掛けて計算し、端数は小数点第一位を四捨五入します。日本年金機構は同じ内容を負担割合の形でも示しており、標準報酬月額88,000円以下なら1〜2年目は被保険者25に対し事業主75となります。

中小企業への実務影響

毎月の保険料はどう変わるか

厚生年金保険料率18.3%で、標準報酬月額が88,000円の短時間労働者1人を例にとります。日本年金機構が示す金額は次のとおりです。保険料全額は16,104.00円で、制度を使わなければこれを労使で折半します。制度の1〜24カ月目は被保険者の負担が4,026.00円に下がり、その分を事業主が上乗せして12,078.00円を納めます。上乗せした4,026.00円が保険料軽減額です。

健康保険料についても同じ考え方で軽減されます。日本年金機構は保険料率が10%の場合の例として、標準報酬月額88,000円の1〜24カ月目は保険料全額8,800.00円、事業主負担額6,600.00円、被保険者負担額2,200.00円、保険料軽減額2,200.00円と示しています。実際の健康保険料の軽減額は保険者ごとの保険料率で変わるため、全国健康保険協会または加入している健康保険組合への確認が必要です。

納付と還付の3カ月サイクル

納付の流れそのものは制度利用前と変わりません。毎月20日頃に日本年金機構から保険料納入告知書または保険料納入告知額・領収済通知書が送られ、事業主は被保険者負担分とあわせて事業主負担分および保険料軽減割合に基づく追加負担額を納付期限までに納めます。納付期限は翌月末です。

事業主が一時的に追加負担した金額は、3カ月後の保険料額から差し引かれます。差し引かれる際には日本年金機構から保険料調整通知書が送られます。ここで注意が必要なのは、保険料を納付期限である翌月末までに納付せず、送付された督促状の指定する期限までにも納付しなかった場合は追加負担額の還付が行われない点です。この場合は保険料調整不該当通知書が送られます。資金繰りが厳しい月に納付を遅らせると、その月の追加負担分がそのまま持ち出しになります。

源泉徴収と年末調整への波及

見落とされやすいのが所得税側の影響です。国税庁のタックスアンサーNo.2511は、税額表に当てはめる給与等の金額について「その月（日）分の給与等の金額から厚生年金保険料、健康保険料及び雇用保険料などの社会保険料等を控除した後の金額によります」としています。制度を使うと本人が負担する社会保険料が減るため、社会保険料等控除後の給与等の金額は増えます。給与計算ソフトの控除額を書き換えないまま運用すると、毎月の源泉徴収税額が本来の金額とずれます。

年末調整も同じです。国税庁のタックスアンサーNo.1130は、社会保険料控除について「控除できる金額は、その年に実際に支払った金額または給与や公的年金から差し引かれた金額の全額です」としています。軽減後の実際の控除額が社会保険料控除の対象であり、軽減前の金額で計算することはできません。事業主が肩代わりした部分は本人が支払ったものではないため、本人の社会保険料控除にはなりません。

会計処理と資金繰り

事業主の追加負担額は3カ月後に差し引かれて戻るため、通期で見れば法定福利費の総額は変わりませんが、制度を始めた最初の3カ月だけは資金の出が先行します。月次試算表では、この立替部分と保険料そのものを取り違えないよう補助科目を分けておくと説明が楽になります。

当事務所の見解・実務上の注意点

9月中に手続きを終えると制度が使えない

この制度でもっとも事故になりやすいのが、手続きの順番です。日本年金機構のチラシは「2026年9月30日以前に任意特定適用事業所となった事業所は、保険料調整制度の対象外です」と明記しています。制度の開始に合わせて早めに動こうとして9月中に任意特定適用事業所の申出を済ませてしまうと、10月から始まる保険料調整制度を使えなくなります。準備を前倒しすることと、届出の受理日を前倒しすることは別だという理解が必要です。

一度始めたらやめられない、一部だけも選べない

日本年金機構は、制度の利用を途中でやめることはできず、事業主からの申出でやめることもできないとしています。利用期間中は標準報酬月額に応じて決まっている事業主の追加負担を必ず行う必要があります。また、制度は事業所単位で適用が決まるため、希望した一部の対象被保険者のみ利用することはできません。対象者が増えれば追加負担の総額も増えるという前提で、3年間の人員計画とあわせて判断すべき制度です。

電子申請ができず、様式の公開は10月

任意特定適用事業所の申出は電子申請も可能ですが、保険料調整開始申出書は事務センターへの郵送または管轄の年金事務所への郵送・窓口持参に限られ、電子申請はできません。届書様式は2026年10月に掲載される予定です。制度利用開始月は申出書が受付された日が属する月であり、さかのぼれないため、月末近くの投函は避けるのが無難です。

自動停止の落とし穴

制度の利用を開始したあと、申出期限内に対象被保険者が0人となった場合は、0人となった月から制度利用が自動停止します。自動停止した月から停止解除の申出があった月までの期間は、通算3年間の利用期間から除外されます。再開するには保険料調整停止解除申出書を申出期限内に提出する必要があり、こちらも受付日が属する月からの適用でさかのぼれません。

数字で語れる材料として使う

当事務所が実務で感じるのは、就業調整の相談が制度の説明ではほとんど動かないという点です。動くのは、本人の手取りが具体的にいくら変わるかを1枚の紙で示したときです。標準報酬月額88,000円なら、保険料全額16,104.00円を折半していた厚生年金保険料の本人負担が4,026.00円になります。3年目には軽減割合が半分になること、4年目には通常の折半に戻ることまで含めて話すのが誠実な説明です。給与設計や社会保険の負担見通しについては、堺市の税務顧問として月次でご相談を承っています。

今すぐやるべきこと

制度の開始は2026年10月1日です。9月中に申出が受理されると対象外になるため、次の順番で進めます。

1. 自社が対象事業所に当たるかを確認する
   まず厚生年金保険の被保険者数を数えます。フルタイムの従業員と、週の所定労働時間がフルタイムの4分の3以上の従業員の合計です。この人数が50人以下であれば、2026年10月1日以降に任意特定適用事業所となることで制度の対象になります。すでに特定適用事業所や任意特定適用事業所になっている場合は対象外です。
2. 対象になる短時間労働者を洗い出す
   週の所定労働時間が20時間以上で、フルタイムの4分の3未満、かつ学生ではない人を抽出します。そのうえで、加入後の標準報酬月額が126,000円以下に収まる人が軽減の対象です。日本年金機構のチラシは目安として月収13万円未満と示しています。
3. 労使合意を取り、10月1日以後に任意特定適用事業所の申出を行う
   同意対象者の2分の1以上の同意が必要です。同意対象者は厚生年金保険の被保険者、70歳以上被用者および短時間労働者です。提出物は任意特定適用事業所申出書、同意を得たことを証する書類、短時間労働者に該当する方の被保険者資格取得届の3点で、電子申請も可能です。9月中に受理されると制度を使えなくなるため、提出日を必ず10月1日以後に置きます。
4. 保険料調整開始申出書を提出する
   保険料調整制度の利用には、任意特定適用事業所の手続きとは別に保険料調整開始申出書の提出が必要です。提出先は事務センターまたは管轄の年金事務所で、方法は郵送か窓口持参に限られ、電子申請はできません。添付書類はありません。届書様式は2026年10月に掲載される予定です。制度利用開始月は申出書が受付された日が属する月となり、さかのぼって利用することはできません。
5. 給与計算と資金繰りの設定を変える
   対象者ごとに標準報酬月額に応じた軽減割合を給与計算に反映し、控除額を変更します。同時に、事業主が一時的に追加負担する分を資金繰り表に織り込みます。毎月20日頃に届く保険料納入告知書の金額と、日本年金機構から送られる保険料調整通知書の内容を毎月照合します。

よくある質問

Q. 保険料調整制度はどの事業所が使えるのですか？

A. 日本年金機構は対象となる事業所を4つに整理しています。2026年10月1日から2035年9月30日までに任意特定適用事業所となった事業所、2027年10月1日以降の適用拡大で新たに特定適用事業所となった事業所、任意適用事業所のうち2027年10月1日から2035年9月30日までに厚生年金保険の被保険者数が51人以上となって特定適用事業所となった個人事業所、2035年10月1日以降に任意適用事業所となった個人事業所です。いずれも申出期限内に事業主から申し出る必要があります。

Q. 2026年10月1日より前に任意特定適用事業所になっていても使えますか？

A. 使えません。日本年金機構のチラシは「2026年9月30日以前に任意特定適用事業所となった事業所は、保険料調整制度の対象外です」と明記しています。同じ内容は対象とならない事業所の説明にもあり、2026年10月1日時点ですでに特定適用事業所（任意特定適用事業所を含む）となっている事業所は対象外とされています。労使合意の準備は進めてよいのですが、申出の受理日が9月中になると制度を使えなくなります。

Q. パートのうち一部の人だけ制度を使うことはできますか？

A. できません。日本年金機構は「保険料調整制度は事業所単位で適用が決まる制度であり、制度を利用する事業所に勤務するすべての対象被保険者に制度が適用されます」としたうえで、「希望した一部の対象被保険者のみ制度を利用することはできません」と説明しています。制度を使うと決めた時点で、標準報酬月額が126,000円以下の短時間労働者は全員が対象になります。

Q. 事業主の負担は結局いくら増えるのですか？

A. 月次では増えますが、通期では増えません。事業主は保険料軽減割合に相当する分を一時的に追加負担して納付しますが、その追加負担額は3カ月後の保険料額から全額が差し引かれます。日本年金機構は「最終的に事業主が納付する保険料は増えません」としています。ただし保険料を納付期限である翌月末までに納めず、督促状の指定する期限までにも納めなかった場合は、その月の追加負担分は還付されません。

Q. 賞与や介護保険料も軽減の対象になりますか？

A. なりません。日本年金機構は保険料軽減額の計算方法の説明で「賞与にかかる保険料、介護保険料、子ども・子育て支援金は、保険料調整制度の対象外です」としています。軽減されるのは毎月の報酬に対する健康保険料と厚生年金保険料に限られます。健康保険料の軽減額は保険者ごとの保険料率で変わるため、全国健康保険協会または加入している健康保険組合への確認が必要です。

Q. 途中でやめたくなった場合はどうなりますか？

A. 事業主の側から中止することはできません。日本年金機構は「制度の利用を途中でやめることはできません」「保険料調整制度は被保険者の保険料負担軽減のための制度であり、事業主からの申出でやめることはできません」としています。利用期間中は標準報酬月額に応じて決まっている事業主の追加負担を必ず行う必要があります。例外は自動停止で、申出期限内に対象被保険者が0人となった場合に限り、0人となった月から利用が自動停止します。

参考資料・出典

• 日本年金機構「保険料調整制度のご案内」
• 日本年金機構「保険料調整制度とは」
• 日本年金機構「保険料調整制度の対象となる事業所・申出期限」
• 日本年金機構「保険料調整制度の対象となる被保険者」
• 日本年金機構「保険料調整制度を利用した場合の保険料額の計算方法」
• 日本年金機構「事業主が追加負担した保険料（保険料軽減額）の還付」
• 日本年金機構「保険料調整制度の開始申出の手続き」
• 日本年金機構「保険料調整制度の自動停止・停止解除（再開）申出の手続き」
• 日本年金機構 チラシ「従業員50人以下の事業主の皆さまへ　2026年10月1日から短時間労働者の社会保険料負担を支援する制度が始まります」
• 日本年金機構「任意特定適用事業所の申し出に関する手続きのご案内」
• 厚生労働省「社会保険適用拡大特設サイト」
• 国税庁 タックスアンサー No.2511「税額表の種類と使い方」
• 国税庁 タックスアンサー No.1130「社会保険料控除」