M&A支援機関登録制度2026｜登録3,362件と仲介手数料の落とし穴

後継者が見つからない中小企業にとって、M&Aは廃業以外の現実的な選択肢になりました。一方で、仲介業者やフィナンシャル・アドバイザー（FA）に支払う手数料は会社によって大きく異なり、同じ譲渡額でも手取りが数千万円単位で変わることがあります。中小企業庁は2026年9月24日、M&A支援機関登録制度の最新の登録状況を公表しました。この制度は事業承継・M&A補助金の補助対象を左右し、支援機関を比較するための情報源にもなります。本記事では公表された数字と中小M&Aガイドラインの定めから、堺市・大阪府の中小企業が契約前に確認すべき点を整理します。

M&A支援機関登録制度の概要と2026年9月24日の公表内容

登録は3,362件、今回の登録は75件

中小企業庁は2026年9月24日、M&A支援機関登録制度の令和8年度公募（8月分）において登録が認められたフィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者を公表しました。同庁の発表によれば、今回登録されたFA及び仲介業者は75件（法人59件、個人事業主16件）です。これにより、令和8年9月24日時点で登録されているFA及び仲介業者は3,362件（法人2,590件、個人事業主772件）となりました。

同庁は制度の経緯について、中小企業が安心してM&Aに取り組める基盤を構築するため、M&A支援機関に係る登録制度を令和3年8月に創設後、これまでに中小M&Aガイドラインの遵守の宣言等をした約3,000件のフィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者が登録された、と説明しています。登録の要件は、中小M&Aガイドラインを守ると宣言することにあります。

登録されているのはどんな事業者か

公表資料の別紙2は、2026年9月24日現在の登録状況を種類別に示しています。最も多いのはM&A専門業者のうち仲介で794件、次いでコンサルティング会社（経営コンサル）が645件です。士業等専門家では税理士が498件と最も多く、中小企業診断士319件、公認会計士283件、行政書士86件、弁護士58件、社会保険労務士23件、司法書士16件と続きます。M&A専門業者のうちFAは360件、M&Aプラットフォーマーは55件です。

金融機関では信金・信組が102件、地方銀行が71件、その他が28件、証券会社が14件、都市銀行と保険会社がそれぞれ4件でした。商工団体のその他とその他がそれぞれ1件で、これらの合計が3,362件になります。

設立年代別では、2020年代が2,077件、2010年代が954件、2000年代が282件、1990年代が31件、1980年代が18件で、登録事業者の多くが2010年代以降に設立されています。

令和8年度公募のスケジュールと今年度の変更点

令和8年度公募の公募期間は令和8年5月29日（金）から令和9年2月12日（金）までで、毎月月末までに申請のあったものについて、翌月中旬頃を目途に登録FA・仲介業者を公表するとされています。同庁は今回の登録の有効期限は、令和9年7月末までとなります、としています。

今年度の変更点として、同庁は、今年度より、支援機関の活動状況をより正確に把握することを目的に、登録要件、継続登録要件として報告内容を変更している、と説明しています。登録は毎年度の更新と報告が前提です。

中小企業への実務影響｜補助金と手数料の構造

補助金の対象になるかどうかは登録の有無で決まる

登録制度が中小企業の懐に直結するのは、補助金の対象範囲を決めているからです。中小企業庁は、事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）において、M&A支援機関の活用に係る費用（フィナンシャル・アドバイザー費用や仲介費用等に限る。）については、予め本制度に登録されたFA又は仲介業者の提供する支援に係るもののみを補助対象とすることとしている、としています。

同補助金の十六次公募は、公募申請受付期間が令和8年10月2日（金）から令和8年11月6日（金）17時までの予定とされています。専門家活用枠の補助対象経費は、FAや仲介に係る費用、デュー・ディリジェンス（DD）、セカンド・オピニオン、表明保証保険料等です。

補助上限の600〜800万円について、同庁は800万円を上限に、DD費用を申請する場合に200万円を加算する、としています。申請はJグランツによる電子申請のみで、GビズIDプライムアカウントの取得には2〜3週間程度が必要とされています。

手数料は4つのタイミングで発生する

中小M&Aガイドライン（第3版）は、手数料の体系として、着手金（主に仲介契約・FA契約締結時に支払う）、月額報酬（主に一定額を毎月支払う）、中間金（例えば基本合意締結時等、案件完了前の一定の時点に支払う）、成功報酬（主にクロージング時等の案件完了時に支払う）を挙げ、これらを全て請求する仲介者・FAもいる一方、成功報酬のみ請求する仲介者・FAもいる、としています。

成功報酬の計算ではレーマン方式が採られることが多く、同ガイドラインはこれを、基準となる価額に応じて変動する各階層の乗じる割合を、各階層の基準となる価額に該当する各部分にそれぞれ乗じた金額を合算して、報酬を算定する手法と説明しています。

同ガイドラインは、例示された各階層における価額・割合は必ずしも表記載の価額・割合に限定されるものではなく、各仲介者・FAにより異なる、と断っています。

基準となる価額の取り方で手数料が変わる

同じ割合でも、何に掛けるかで金額は変わります。同ガイドラインは基準となる価額として、譲渡額（譲受額）、移動総資産額、純資産額の3つを挙げ、移動総資産額について、同じ譲渡額であっても、負債（特に借入金）の金額が高い方が、手数料は高くなる、としています。さらに重要なのが最低手数料です。同ガイドラインは、譲り渡し側が小規模である場合には、基準となる価額が小さく、十分な成功報酬を確保できないケースもあり得るため、これに備えて最低手数料を設けている仲介者・FAは多いとしています。

一方、事例1は6か月間の業務遂行により譲渡額１億円の株式譲渡が成立したケースで、着手金１００万円（税抜）と成功報酬（最低手数料５００万円（税抜））により手数料総額は６６０万円（税込）、譲渡額から手数料総額を控除した金額は９３４０万円になると示しています。譲渡額が倍でも手取りは倍以上に開きます。

当事務所の見解・実務上の注意点

仲介とFAのどちらに頼むかを最初に決める

中小M&Aガイドラインは、仲介者について、譲り渡し側・譲り受け側の双方と契約を締結する、双方から手数料の支払を受けることが通常であると整理し、FAについては、一方と契約を締結する、その一方から手数料の支払を受けると整理しています。そのうえで、仲介者には利益相反のリスクがあることから、一部の業務を提供しないことを含め、一定の措置を講ずることとしている、としています。

当事務所の実務感覚では、売り手の経営者がこの違いを理解しないまま契約書に署名している例が少なくありません。同ガイドラインは、仲介者からの支援を受ける場合には、利益相反防止の観点からも、自らが支援機関に対して支払う手数料に加え、相手方が支援機関に対して支払う手数料の算定基準についても説明を求めることが考えられる、としています。

契約書の3つの条項は目安が示されている

中小M&Aガイドラインは、契約書に入りやすい条項について目安を示しています。並行して他の仲介者・FAへの依頼を行うことを禁止する専任条項は、契約期間が最長でも6か月〜1年以内が目安とされています。M&Aが成立しないまま契約が終了した後、一定期間内に譲り渡し側がM&Aを行った場合に手数料を請求できるとするテール条項は、テール期間の長さが最長でも2年〜3年以内が目安とされています。

直接交渉の制限に関する条項についても、禁じられる相手方候補先の範囲は、基本的には、仲介者・FAが関与・接触し、紹介した候補先のみに限定されるとしています。提示された契約書が目安から外れているときは、理由の説明を求めてください。

顧問税理士を早い段階で関与させる意味

登録制度の種類別内訳で税理士が498件と士業等専門家の中で最多だったことは、M&Aの現場に税理士が深く関わっている実態を映しています。決算書の数字がどう評価されるのか、株式譲渡と事業譲渡で手取りがどう変わるのかは、日々の帳簿を見ている立場だからこそ説明できる領域です。中小M&Aガイドラインも、特に顧問税理士等、もともと関与のある士業等専門家の支援の下で手続を進めるケースもあるとしたうえで、その場合には、顧問料以外に別途、報酬を支払うケースもあるため、予め確認されたいとしています。

当事務所は堺市の税務顧問として、M&Aの打診を受けた段階からの相談をお受けしています。譲渡後の財産構成は将来の相続にも直結するため、相続税申告のサポートと併せて譲渡の前後をひと続きで設計することをおすすめします。

今すぐやるべきこと

1. ステップ1：声をかけてきた業者が登録されているか確かめる
   中小企業庁の公表資料の別紙1には、令和8年度公募（8月分）で登録が認められた事業者の一覧が掲載されています。最新の状況はM&A支援機関登録制度のデータベースで検索できます。補助金の利用を考えているなら、登録の有無は最初に確認すべき事項です。
2. ステップ2：手数料の算定基準を4点セットで書面でもらう
   中小M&Aガイドラインは、成功報酬において採用される報酬率、報酬基準額（譲渡額/純資産/移動総資産等）、最低手数料の額、報酬の発生タイミング（着手金/月額報酬/中間金/成功報酬）といった手数料の算定基準を確認し、複数の仲介者・FAの手数料を比較検討することが重要であるとしています。口頭の説明では比較になりません。
3. ステップ3：想定譲渡額を当てはめて絶対額で比べる
   同ガイドラインは、単にレーマン方式の階層ごとの報酬率のみではなく、成立する譲渡額に応じて最終的に支払う報酬の絶対額を確認することが重要であるとしています。自社の想定譲渡額と負債額を伝え、手数料の見込み額を数字で出してもらってください。
4. ステップ4：専任条項・テール条項・直接交渉の制限の期間と範囲を確認する
   専任条項は最長でも6か月〜1年以内、テール条項は最長でも2年〜3年以内がガイドラインの目安です。期間が長い、対象範囲が広い契約書は、その場で署名せず持ち帰ってください。
5. ステップ5：契約前にセカンド・オピニオンを取る
   顧問税理士や事業承継・引継ぎ支援センターに契約書案と手数料表を見せ、業務内容と手数料が見合っているかの意見をもらいます。秘密保持条項でこれらの者への情報共有が許容されているかも併せて確認します。
6. ステップ6：補助金を使うならスケジュールから逆算する
   事業承継・M&A補助金の十六次公募は令和8年11月6日17時までの受付予定です。GビズIDプライムアカウントの取得に2〜3週間程度が必要とされているため、未取得であれば今週中に申請してください。

よくある質問

Q. 登録されていないM&A仲介業者に依頼してはいけないのですか？

A. 登録は仲介業務やFA業務を行うための許可ではないため、登録されていない事業者に依頼すること自体が禁じられているわけではありません。ただし中小企業庁は、事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）において、M&A支援機関の活用に係る費用については、予め本制度に登録されたFA又は仲介業者の提供する支援に係るもののみを補助対象とするとしています。補助金の利用を前提にするなら、登録されている事業者を選ぶほかありません。登録の有無は、行動指針を守ると表明しているかどうかの目安にもなります。

Q. 手数料の相場はどのくらいですか？

A. 中小企業庁は一律の相場を示していません。中小M&Aガイドラインは、仲介者・FAの手数料は、各仲介者・FAの合意に委ねられていることから、仮に同じM&Aが実現したとしても、仲介者・FAが異なれば、発生する手数料の金額は多様であるとしています。重要なのは、同ガイドラインが述べるとおり、仲介者・FAの業務内容と手数料の金額が客観的に見合っているか否か、そして依頼者である中小企業やその経営者が納得できるか否かという点です。複数社から同じ前提条件で見積りを取り、絶対額で比べてください。

Q. 譲渡額が小さいと手数料の割合が高くなるのはなぜですか？

A. 最低手数料が設定されているためです。中小M&Aガイドラインは、譲り渡し側が小規模である場合には、基準となる価額が小さく、十分な成功報酬を確保できないケースもあり得るため、これに備えて最低手数料を設けている仲介者・FAは多いとしています。同ガイドラインの事例4では、譲渡額５０００万円に対しレーマン方式で計算した２７５万円（税込）よりも最低手数料１１００万円（税込）が大きく、後者が手数料総額になりました。小規模な譲渡ほど最低手数料の額が手取りを左右します。

Q. 専任条項があるとセカンド・オピニオンは受けられませんか？

A. 中小M&Aガイドラインは、専任条項の対象範囲は、可能な限り限定されるべきであるとし、依頼者が意見を求めたい部分を明確にした上で、これを妨げるべき合理的な理由がない場合には、セカンド・オピニオンを求めることは許容されるとしています。ただし同ガイドラインは、契約締結後においては情報の管理等の観点から元の支援機関がセカンド・オピニオンを許容しないことがあるとも注意しています。契約前に、秘密保持条項での情報共有の可否を確認しておくのが確実です。

Q. 登録されている事業者なら規模や体制は安心できますか？

A. 登録は中小M&Aガイドラインの遵守の宣言等を要件とするもので、規模を保証するものではありません。中小企業庁が公表した別紙2のM&A支援業務専従者数別の登録件数では、1〜2人が1,687件、0人が828件で、登録3,362件の大半を占めています。担当者が何人で対応するのか、途中で担当が替わる可能性はあるのか、過去にどの業種・規模の支援実績があるのかは、登録の有無とは別に個別に確認してください。

Q. 相手方が支払う手数料まで気にする必要がありますか？

A. 仲介者に依頼する場合は、気にする理由があります。中小M&Aガイドラインは、相手方の手数料の額が自らの利益に影響する構造にある点に留意する必要があるとし、譲り受け側の予算が譲渡額と手数料に影響する構造を説明しています。そのうえで、仲介者に対しては相手方の手数料について、仲介契約前、仲介契約締結後において説明することを求めているとしています。遠慮なく説明を求めてください。

Q. 登録の有効期限が切れたらどうなりますか？

A. 中小企業庁は、令和8年度公募で登録された支援機関について、今回の登録の有効期限は、令和9年7月末までとなりますとしています。登録は年度単位で更新される仕組みで、同庁は今年度より、支援機関の活動状況をより正確に把握することを目的に、登録要件、継続登録要件として報告内容を変更しているとしています。長期の案件では着手時の登録が途中で失われることもあるため、申請時点で再確認してください。

参考資料・出典

• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度に係る登録フィナンシャル・アドバイザー及び仲介業者の公表(令和8年度公募(8月分))について」（2026年9月24日）
• 中小企業庁「別紙2 現在の登録状況について（2026年9月24日現在)」
• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）～第三者への円滑な事業引継ぎに向けて～」
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度の申請受付(令和8年度公募)について」（令和8年5月29日）
• 中小企業庁「中小企業生産性革命推進事業『事業承継・M&A補助金』(十六次公募)の公募要領を公表します」（2026年9月4日）
• 中小企業庁「M&A支援機関に係る登録制度の創設について」（令和3年8月2日）